3000多年前的新石器時代鼓浪嶼就已出現。
公元8世紀前後，來自中原的陳、薛等家族先後遷居島上開發與生產，鼓浪嶼島遂有“新城”、“嘉禾裏”之地名。
960年～1368年，島上人煙漸繁，閩國龍啟年間時置同安縣 。
909年，王審知為閩王，立閩國，都福州，大同場為其轄地。
963年，宋名義改清源軍為平海軍，以陳洪進為節度使，同安縣屬平海軍。
978年，陳洪進納土於宋，同安縣始隨平海軍納入宋土。同年，宋復平海軍為泉州。宋屬平海軍、泉州。元屬泉州路。明屬泉州府。
1260年-1279年，首次在島上設立“嘉禾千戶所”。
1655年，在同安縣綏德鄉嘉禾裏置思明州。
1680年，思明州廢。
1841年8月2日激烈的炮戰中，金門鎮總兵江繼蕓和部下官兵堅守陣地，同敵人血戰到底，最後全部壯烈殉國。廈門和鼓浪嶼同時陷入敵手。
1840年～1860年，外國列強勢力對廈門和鼓浪嶼的侵略已全面展開，且迅速地擴展和深化。
1844年，倫敦差會在鼓浪嶼成立教會。
1850年，大英長老會也於在鼓浪嶼紮住腳跟。
1848年，美國歸正教會的“中華第壹聖堂”建造在廈門新街仔。15年後，英 國教會也在鼓浪嶼建造了專供外國人祈禱的“協和禮拜堂”（在今第壹醫院內）。壹批培養中國牧師、傳道士的“聖道學教”，宣傳宗教的教會學校在廈門，特別是在鼓浪嶼，如雨後春筍般地冒了出來。為了進壹步掌握東南門戶壹壹廈門的經濟命脈，控制廈門海關和港口管理大權被視為關鍵的措施。
1912年，析同安縣綏德鄉嘉禾裏和大、小金門等島嶼置思明縣，4月28日，思明縣政府正式成立，隸屬福建軍政府，9月升思明府，旋廢。
1915年，分出金門、大小嶝設金門縣。
1935年4月，以廈門及鼓浪嶼等7個島嶼設廈門市，撤銷思明縣設禾山特種區，與同安縣同屬第四行政督察區（駐同安，轄今泉州、莆田、廈門）。
1938年5月～1945年9月，廈門島淪陷， 同安縣隸屬福建省第四行政督察區，民國32年開始， 1943年國民政府福建省政府下令撤區建鄉設保，進行鄉鎮並編。
1941年12月07日，日軍獨占了鼓浪嶼，直至我國抗戰勝利。
1949年9月，初隸屬於福建省第五行政督察專員公署，管轄泉州、莆田、廈門，後改隸於廈門市至今。
1949年，中國人民解放軍進入福建，攻入廈門，後金門戰役、金門炮戰， 參見金門戰役、金門炮戰等相關文章和詞條。
1949年10月17日，鼓浪嶼地區解放。
1979年01月01日，中華人民***和國國防部部長徐向前發表了《停止炮擊大、小金門等島嶼的聲明》，歷時21年的金門炮擊，劃上了句號。
2003年底，廈門完成城市行政區劃調整，之後，為了發展鼓浪嶼風景名勝區，
2003年04月26日起，將原鼓浪嶼區、開元區、思明區合並成立新的思明區。同時，廈門市鼓浪嶼區撤銷行政區後，以其行政區域設立鼓浪嶼街道辦事處。大幅減少政 府編制，節約行政開支，促進社會發展，降低施政成本，劃歸屬於廈門市思明區。曾經懸掛鼓浪嶼區人民政府牌匾的地方換上了鼓浪嶼—萬石山風景名勝區管委會的牌匾，末屆區長程建明上任管委會主任之職。程建明在管委會的揭牌儀式上說，過去所有的成績都已載入歷史，管委會的成立，標誌著全力打造世界級精品旅遊勝地的新的創業的開始。鼓浪嶼—萬石山風景名勝區將管轄10個著名風景區，陸地和海域面積達到245平方公裏。
2005年01月31日，廈門市政府出臺了《廈門市鼓浪嶼風景名勝區管理辦法》。
2006年07月13日，鼓浪嶼上的歷史風貌建築將變成酒吧、咖啡廳、書店等。有關部門將把產權已明晰的部分歷史風貌建築推出招商。
2007年05月08日，廈門市鼓浪嶼風景名勝區經國家旅遊局正式批準為國家5A級旅遊景區，鼓浪嶼被國家地理雜誌評選為“中國最美五大城區之首”。
2007年，鼓浪嶼壹***擁有10處13座全國重點文物保護單位。《規劃》***列出19處28幢建築，建議作為增補考慮對象。這個增補名單還未最後確定，有關專家對其中某些增補對象有異議，比如觀海別墅，就有專家提出應改為李武芳別墅，並新增廈門二中（含西歐小築）、楊家園、番婆樓和田尾女學等建築。
2012年，這個1.87平方公裏的小島接待遊客1136萬人次。
2012年10月02日，鼓浪嶼單天接待遊客超過12萬人次，創歷史新高。遊客的激增帶來了巨大的商機，也帶來了大量占道擺攤、野導假導橫行、家庭旅館無序擴張等問題，導致島上用電、用水、環衛等資源高度緊張。
2012年5月～2013年4月，由廈門市公安局、工商局、鼓浪嶼街道辦、鼓浪嶼管委會等14個執法部門的骨幹力量進駐鼓浪嶼，組成“鼓浪嶼協同管理聯合執法綜合整治小組”，針對島上亂象根源之壹的“商業亂”展開整治。
2013年01月01日起，鼓浪嶼島將實行遊客總量控制，限制上島遊客數量。
2013年6月，鼓浪嶼常住居民約為6000人，而這壹數字在幾年前是2萬多人。隨著大量常住人口的流失，島上優質的醫院、學校也陸續搬離，鼓浪嶼的社區功能正在逐步退化。
2013年06月15日，來自鼓浪嶼管委會的消息，以後上鼓浪嶼要全面安檢：人要安檢，貨物和行李也要安檢。據悉。
2013年10月前這些設施完工。鼓浪嶼管委會將加強與輪渡公司的合作，加大安檢、抽檢的力度，對不完善的輸送帶、安檢門做進壹步的補充完善，壹定要解決死角問題。
2014年11月29日，廈門市對鼓浪嶼實施“全島博物館”計劃，將重點歷史建築、多國領事館納入公***開放的無圍墻生態博物館系統，變成活化歷史的重要資源。鼓浪嶼管委會副主任葉細致介紹，全國重點保護文物單位“鼓浪嶼近代建築群”***有20處。
2014年，已完成美國領事館舊址、匯豐銀行公館舊址、天主堂、安獻樓、廈門海關稅務司公館舊址等13處全國重點保護文物單位的文物修繕設計方案，爭取在3年內完成修繕工作。接下來，廈門要活化老建築，建立“鼓浪嶼全息影像”，著手梳理鼓浪嶼建築、歷史、人文、藝術等各領域的內容，鼓勵創作鼓浪嶼專題的電影、書籍，以及數字虛擬互動產品等視覺藝術作品。鼓浪嶼持續舉辦以音樂文化為代表的節慶活動，重新推廣鼓浪嶼上瀕臨消失的家庭音樂會。
2014年11月29日，從廈門市《鼓浪嶼整治提升2014年～2015年工作方案》中，記者看到發展文創產業、優化環境、整合港航資源、讓居民生活更便利等內容，其中發展文創產業的措施引人註目。根據方案，鼓浪嶼在積極穩妥保護歷史文化遺產的前提下，將註重文化、生活和業態的內涵提升，用文化創意處理好遺產、旅遊、社區三者的關系，把鼓浪嶼打造成世界知名的國際藝術島。廈門聘請了15位鼓浪嶼整治提升監督員。監督員由包括舒婷在內的社會賢達、專家學者、行業組織和鼓浪嶼居民代表等社會各界人士組成。
2014年06月27日，鼓浪嶼整治提升以來，結合“申遺”進行的島上風貌建築修繕工作，正在紮實推進。
2014年06月27日是以“讓文化遺產活起來”為主題的第九個中國文化遺產日，島上十三處全國重點文物保護單位建築修繕設計方案在協和禮拜堂前廣場壹壹亮相，首次向公眾展示。全國重點文物保護單位“鼓浪嶼近代建築群”***有20處，14年已完成以下13處全國重點文物保護單位文物修繕設計方案。 2014年，修繕設計方案的文本已經提交福建省文物局進行審批，年內將遞交國家文物局，壹旦國家文物局審批下來了，修繕也就可以正式開始方案也在不斷征求意見，如果有建設性意見，可以向鼓浪嶼管委會規劃部門提出。
2014年11月28日，修繕設計方案分別從人文歷史，藝術，科學和社會價值四個維度，對建築進行了評估。恢復歷史原狀，做到外立面復原，建築形制特征分析，是方案的壹大重點。方案中的修繕工程可歸納為兩個層面:外立面復原、室外環境綜合整治。建築所有室內外的修繕都從文物特色角度把握，講求總體協調性。圖紙中做了大量的現場測繪工作，得出結論:海關稅務公館建築整體外立面基本保存完好，主要的變動在於原大量整體落地門已調整為窗，而幾乎所有原始木窗都已經調整為鋁合金窗。這處建築的修繕重點也隨之得出:立面門窗的復原。延展設計工藝，增加避雷防水措施，鼓浪嶼管委會規劃處相關負責人王先生告訴記者，此次修繕都盡量保留原始風貌，材料上也依據歷史材料進行選擇，部分無法判斷歷史材料的進行微調，設計工藝上進行了延展性設計。同樣以海關稅務司公館為例。由於該建築在修繕後將開放使用，因此對外窗和建築外立面落水管都進行了復原處理，還增加了泛光照明概念、避雷措施、屋面防水保溫處理。
2015年01月22日下午，“網絡名人看廈門”走進鼓浪嶼。鼓浪嶼管委會副主任葉細致表示：“網絡名人看廈門活動來到鼓浪嶼，將對鼓浪嶼的現狀及整治提升有壹個真實的報道，對鼓浪嶼申遺將起到正面宣傳的作用。”葉細致副主任還表示，鼓浪嶼申遺是壹種保護手段而不是壹個目標。針對接下來申遺的相關工作，2017年以前將完成鼓浪嶼上53處核心要素的保護工作。
2015年12月31日，廈門市政府官方網站發布消息，《廈門市鼓浪嶼家庭旅館管理辦法》已經市政府第93次常務會議研究通過。消息同時列出了法規的正文。根據正文內容，《辦法》旨在適應我市旅遊業發展的需要，規範鼓浪嶼家庭旅館的經營和管理，保障旅遊者和經營者的合法權益，營造優良的旅遊環境，滿足遊客度假休閑的需求，在此宗旨上根據國家有關法律法規和規章的規定，並結合鼓浪嶼實際制定。《辦法》對“鼓浪嶼家庭旅館”給出了定義:在鼓浪嶼島範圍內，以合法取得使用權的單幢民宅或獨立式建築的空置房為基本接待單元，結合鼓浪嶼自然人文景觀，經批準設立的為遊客提供體驗式住宿服務的經營性接待設施。
2016年1月28日，由鼓浪嶼管委會、鼓浪嶼申遺辦主辦的“西洋文化與鼓浪嶼——古蛋白照片精選展”，在鼓浪嶼中華路5號（原荷蘭領事館）拉開帷幕。本次展覽對所有市民、遊客開放，預計持續半年。
2016年2月1日，中國聯合國教科文組織全國委員會秘書處函告聯合國教科文組織世界遺產中心，正式推薦“福建鼓浪嶼”作為2017年文化遺產項目。兩個項目有望於2017年第41屆世界遺產委員會上列入《世界遺產名錄》。
2016年2月14日，廈門召開鼓浪嶼整治提升及申遺工作領導小組會議，回顧總結相關工作進展，研究部署下階段工作。日前，鼓浪嶼已正式作為2017年我國申報世界文化遺產項目。據了解，在省委省政府和市委市政府的高度重視及大力支持下，鼓浪嶼整治提升和申遺籌備工作正集全市之力加快推進。今年夏季，鼓浪嶼將接受世界文化遺產中心專家的實地驗收。省委常委廈門市委書記王蒙徽強調，鼓浪嶼申遺與別的地方不太壹樣，目的不是為了提高知名度，而是為了更好地保護好鼓浪嶼的歷史文化。鼓浪嶼創造了中國近現代史上150多個“第壹”，我們要把這些故事講好，把鼓浪嶼的歷史風貌和文化魅力更充分地展示出來。