納稅人進行匯算清繳時，須向稅務機關提交年度關聯交易申報表。雖然以前年度的匯算清繳也包括對關聯之間關聯交易的申報和披露，但與《特別納稅調整管理辦法》（以下簡稱《辦法》）的要求相比，適用對象發生了細微變化，實行查賬征稅的非居民被納入關聯申報之列，但實行核定利潤征稅的代表處似乎並不需要進行關聯申報。另外，關聯關聯關系的認定、關聯業務往來申報與披露都有很大的變動和擴充，這給納稅人的實際操作帶來了更大的挑戰。
關聯關聯關系的認定
《辦法》在定義關聯時更著重強調了“控制”的概念。這壹理念與經濟合作與發展組織對關聯關系界定的精神相壹致。
《辦法》明確規定了間接持股比例的計算方法，以及如何確定關聯關系。壹方直接或間接持有另壹方的股份總和達到25%以上，或者雙方直接或間接同為第三方所持有的股份達到25%以上，可判定其互為關聯；如果壹方通過中間方對另壹方間接持有股份，只要壹方對中間方持股比例達到25%以上，則壹方對另壹方的持股比例按照中間方對另壹方的持股比例計算。
由此可以看出，即使壹家對另壹家的法定持股比例（即按各層持股比例相乘計算）未達到25%，也可能由於上述規定被認定構成關聯關系。此外還需要註意的是，中國居民股東多層間接持有股份按各層持股比例相乘計算，中間層持有股份超過50%的，按100%計算。
《辦法》列出的關聯交易類型主要為四大類，包括有形資產購銷、轉讓和適用；無形資產的轉讓和適用；融通資金和提供勞務。納稅人應參照《辦法》中列出的各類型交易的內容對內部關聯交易進行界定和分類，並確保妥善保存與關聯交易相關的、付款憑證等資料。
關聯業務往來申報與披露
《年度關聯業務往來報告表》（以下簡稱《報告表》），以9張關聯業務往來報告表取代以往外商年度納稅申報表中的表A-13/表B-13。《報告表》要求納稅在年度所得稅申報時，披露是否已準備轉讓定價同期資料，表明轉讓定價合規性的要求變得更加嚴格。納稅人在進行關聯業務往來申報時，應按《報告表》的填表說明進行填報。為了幫助納稅人理解和遵循稅務機關在關聯申報方面的要求，以下幾點特別提醒納稅人註意：
納稅人在報送《報告表》時，需要與所得稅申報表壹起提交，提交時間是5月31日之前。
2.《報告表》的內容應與同期資料內容相壹致。尤其需要註意的是，由於2008年度國家稅務總局對於關聯業務往來申報和同期資料的要求時限不壹致，納稅人需要確保5月31日之前提交的《報告表》的內容，與12月31日之前需要準備好的同期資料的內容相壹致。
3.報送《報告表》與準備同期資料的適用對象有所不同。報送《報告表》沒有任何門檻限制，只要是實行查賬征收的居民和在中國境內設立、場所並據實申報繳納所得稅的非居民，均需填報《報告表》。但是對於同期資料的準備，按照《辦法》第十五條的規定，符合三種情況的是免於準備的，也就是說並不是所有的都準備同期資料。
4.《報告表》中所涉及的9張附表的詳細信息，將會為稅務機關開展案頭分析和選取潛在調查對象提供更為詳細的信息來源。
提早準備，遵從《辦法》
2008年度關聯申報的截止期限越來越近，為了更好地幫助納稅人遵從《辦法》，對於關聯申報的內容和時間要求，筆者建議：1.認真審閱內部各關聯之間的關聯關系，以及關聯交易的類型和金額，並按照的實際情況據實填報。存在重大關聯交易的應當向轉讓定價專業人士尋求幫助，以控制並降低中國轉讓定價風險。
2.應提早進行準備。對於報告表中不明確的內容，應及時向主管稅務機關確認。
3.按照《辦法》的規定，未能準備和按時提交報告表可能成為稅務機關啟動轉讓定價調查的原因。若在轉讓定價調查中不能成功證明自己符合轉讓定價法規要求，在最壞的情況下，稅務機關可能采取核定利潤方法對進行轉讓定價調整。因此，應認真準備並按時提交《報告表》。
4.新的關聯申報要求針對的是單個獨立納稅人，目前尚不允許合並進行關聯申報以及同期資料的準備。這可能會對在中國經營的跨國帶來不少額外負擔。因此集團性應當積極地對轉讓定價風險進行管理，盡早確定需要準備同期資料的下屬並及時展開準備工作。同時，還可利用這壹契機，再次評估其轉讓定價安排的現狀，以及對政策作出反應，以確保相關安排在未來持續性的基礎上仍然合理有效。