稅務稽查，是稅務檢查的壹種，是指稅務稽查機構的專業檢查。
從概念上可以看出，稅務檢查包括稅務稽查。
具體區別稅務檢查和稅務稽查，應把握以下幾個方面：
1、執法主體不同。稅務稽查的主體只能是稅務稽查局，而稅務檢查的主體包括稽查局和其他稅務機關。
2、執法對象不同。稅務稽查的對象是涉嫌偷逃騙抗稅的納稅人和扣繳義務人，目的是查處稅收違法案件；稅務檢查的對象主要是在稅收征管活動中有特定義務或需要，或者在某壹環節出現問題的納稅人、扣繳義務人，既具有檢查的性質，又具有調查和審查的性質，目的是為了加強征管，維護正常的征管秩序，及時發現和防止重大、特大案件的發生。
3、執法案源不同。稅務稽查的案件來源主要有：采用計算機選案分析系統進行篩選的案件；根據稽查計劃篩選或隨機抽樣選擇的案件；根據公民舉報、有關部門轉辦、上級交辦、情報交換的資料確定的案件。稅務檢查的案件來源主要有：在稅收征管的各個環節中對納稅人情況的審查，或者是按照稅法或實際情況的需要對納稅人的情況進行檢查的案件，如對停歇業納稅人進行的調查核實。
4、執法程序不同。稅務稽查專業性強，要求水平高。即必須按照選案、檢查、審理、執行四個環節進行，實行嚴格的專業化分工，各環節相互分離、相互制約。稅收檢查則可以根據稅收征管的實際需要，隨時進行檢查，方式靈活多樣，程序比較簡單，不壹定按照選案、檢查、審理、執行四個環節進行，只要是合法、有效的稅收執法就行了。
5、執法權限不同。稽查局專司偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處，對納稅人未按規定辦理稅務登記、未按規定設置賬簿、未按規定安裝稅控裝置等其他違法行為則沒有處罰權，只能由賦予處罰權限的稅務局、稅務分局、稅務所進行處罰。