根據《國家稅務總局關於商品混凝土實行簡易辦法征收增值稅問題的通知》國稅發（2000）37號文件規定：對增值稅壹般納稅人生產銷售的商品混凝土，按規定應當征收增值稅的，自2000年1月1日起按照6%的征收率征收增值稅，但不得開具增值稅專用發票。
在新增值稅暫行條例實施後，財政部 國家稅務總局於2009年1月19日下發了《關於部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知 》財稅（2009）9號文件，該文件規定：（三）壹般納稅人銷售自產的下列貨物，可選擇按照簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅：
6.商品混凝土（僅限於以水泥為原料生產的水泥混凝土）。
並明確了《國家稅務總局關於商品混凝土實行簡易辦法征收增值稅問題的通知》（國稅發[2000]37號）同時廢止。
從兩個文件理解，如果貴公司適用按照簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅的話，則，貴公司2005年-2008年執行國稅發（2000）37號文件，2009年至今執行財稅（2009）9號文件，兩個文件明確適用按照簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅的是商品混凝土，即僅限於以水泥為原料生產的水泥混凝土，而不是混凝土制品。因此，貴公司的混凝土制品不適用這兩個文件，即不適用按照簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅，主管國稅機關要求貴公司應當補交未繳少繳增值稅是合法的。
二、從程序法來看
根據《中華人民***和國稅收征收管理法》（以下簡稱征管法）第五十二條 規定：因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。 因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以追征稅款、滯納金；有特殊情況的，追征期可以延長到五年。 對偷稅、抗稅、騙稅的，稅務機關追征其未繳或者少繳的稅款、滯納金或者所騙取的稅款，不受前款規定期限的限制。
由於 貴公司2005年申請壹般納稅人簡易辦法征收，同年得到主管國稅機關核準通知（2005）000X號。造成貴公司未繳少繳增值稅，其主因是主管國稅機關把關不嚴，對文件理解有偏差。從法理上來講，屬於主管稅務機關的責任，根據《征管法》第五十二條 規定：因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。因此，貴公司只需要補繳2007年至今三年的未繳少繳的增值稅，不加收滯納金，而不是2005年至今的全部少繳的增值稅，並加收滯納金。
如果主管國稅機關強行要求貴公司補繳5年的增值稅XXX萬元和滯納金XXX萬元的話，貴公司可以采取稅務司法救濟措施，即稅務行政復議。如果對復議不服的，可以采取稅務行政訴訟措施。