(壹)現行預算會計制度相對落後。
我國會計工作的具體服務對象稱為會計主體。根據會計服務主體的不同，現行預算會計體系可分為三部分，即行政單位會計、事業單位會計和財政總預算會計。其中，按照國家預算的分配方式，事業單位可分為全額、差額和自收自支三類，其構成形式較為復雜。在市場經濟條件下，不需要國家財政撥款的自收自支事業單位，其管理控制、會計核算等內部運行模式逐步向企業化發展。但是，隨著我國經濟的快速發展，傳統的會計制度已經不能適應社會經濟環境的需要，現行的預算會計制度難以全面、準確、真實地反映各類事業單位的財務狀況和經營成果。
(二)會計目標相對單壹
目前，我國會計工作的目標包括“決策有用觀”和“受托責任觀”。相比較而言，我國現行預算會計主要以受托責任理念為基礎，以監督為主要任務，旨在向資源委托方提供相關會計信息。在實際操作過程中，財政部門或上級單位委托各類事業單位、行政單位履行職責，同時需要向委托方提供受托職責履行情況的相關資料。但是，由於我國預算會計信息的特定服務對象，呈現出多元化的發展趨勢，社會對預算透明度的呼聲越來越高，使得會計信息使用的主體不局限於財務資源委托方，受托責任作為單壹會計目標的理念已經不能滿足現實的需要。
會計問題
目前，我國壹些事業單位和行政單位會計科目單壹，難以適應預算改革的需要。面對超出部門職權範圍的事項，如社會保險基金、基本建設基金等，未納入核算內容範圍進行統壹核算。我國事業單位和行政單位的成本核算往往缺乏科學性、全面性和真實性，固定資產不計提折舊，難以真實準確地反映固定資產凈值，導致會計信息失真。此外，現行預算會計的核算內容往往不能準確、全面地反映和核算政府的債權債務信息，對壹些債權投資的核算方法也沒有規定；對於負債信息，采用收付實現制，使得壹些實際發生和形成的負債不能及時反映，確認標準多為實際支付的現金，往往導致虛增預算余額的現象。
二，推進預算會計改革的相關措施
(壹)在會計改革的基礎上，重建預算會計體系。
由於預算會計是會計體系的壹個獨立分支，因此有必要重建預算會計體系，全面改革總體框架。現行預算會計體系由政府會計、行政會計和事業單位會計組成。就未來發展趨勢而言，應歸為政府會計體系，其中總預算會計與行政單位會計的關系應為共分。目前，事業單位應納入非營利組織會計範疇，通過改革完善，逐步向企業會計發展。對於政府的財務報告，應將國有資產、社會保障基金、預算和采購基金等納入財務信息，以便更全面、真實、準確地反映政府的績效和財政受托責任。
(二)改進和完善政府會計信息系統。
會計系統旨在滿足用戶的需求並提供信息。財務報告是實現信息服務的基本工具。針對不同類型使用者的需求，財務報告應真實反映相關信息。政府會計報告體系的設計非常重要，包括詳細的政府財務信息、詳細的支出和成本說明，為政府部門決策提供依據，達到控制支出的目的。內部審計和獨立外部審計都應以報表形式反映；將會計系統與計劃管理、預算管理、現金管理、債務管理和審計系統結合起來；有詳細的資產、負債和人力資本信息報告，也反映政府產出和政府政策的相關信息。為了提高政府工作效率，加強成本管理。
(3)權責發生制應根據實際情況區別對待。
使用者評價政府財政受托責任的績效，權責發生制是主要的評價手段。在新公共管理體制下，政府會計不斷改革。雖然實施的會計模式不盡相同，但都在壹定程度上使用權責發生制，這是廣泛使用的會計基礎。根據其原理，收入是以政府是否提供服務來確認的。接受服務後的當期費用是相應的義務，在計入資產負債表時應作為債務處理，從而詳細反映政府的財務狀況和經營成果。權責發生制要求所有的經濟資源都要在資產負債表中反映出來。我國會計改革既要從實際出發，又要借鑒國際模式確認應收賬款和應付賬款，做到各期平衡，明確政府責任。我國預案計算的會計基礎改革可以循序漸進，從個別到整體，從地方到中央，從根本上明確政府的責任。