根據上述職責，省審計廳設15個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、保密、政務公開、財務、信息化建設、離退休人員服務等工作；牽頭起草審計結果報告、審計工作報告；聯系特約審計員。
（二）綜合計劃處。
擬訂審計工作的政策、規劃、年度計劃和審計項目計劃，劃分審計範圍，建立計劃動態管理；承擔被審計單位資料庫的建設、統計等工作。
（三）法規審理處。
起草有關地方性法規、規章草案及規章制度、審計指南；審理有關審計業務事項，審核審計報告、審計決定、移送處理書等文書；承擔內部審計的監督工作；承擔有關行政復議和行政應訴等工作。
（四）經濟責任審計處。
組織開展經濟責任審計工作，承擔全省經濟責任審計工作的協調、管理和業務指導工作，指導和監督農村集體經濟審計工作，承擔省經濟責任審計工作部門聯席會議有關工作。
（五）財政金融審計處。
組織審計省本級財政預算執行和其他財政收支情況，組織審計地級以上市人民政府預算執行、決算和其他財政收支情況，組織審計省屬國有金融機構的資產、負債和損益，開展相關專項審計調查。
（六）稅務審計處。
組織審計地方稅務系統稅收征管情況，開展相關專項審計調查。
（七）行政政法審計處。
組織審計省直有關行政部門以及政法部門的預算執行情況和決算，組織審計省直行政、政法部門和地級以上市人民政府管理的行政政法專項資金，開展相關專項審計調查。
（八）教科文審計處。
組織審計省直教育、科技、文化、體育、計劃生育等主管部門以及省直事業單位、社會團體的預算執行情況和決算，組織審計省直教育、科技、文化、體育、計劃生育等主管部門和地級以上市人民政府管理的教科文專項資金，開展相關專項審計調查。
（九）農業與資源環保審計處。
組織審計省直農業、國土資源、環境保護、水利、林業等主管部門的預算執行情況和決算，組織審計省直農業、資源環保等主管部門和地級以上市人民政府管理的農業、資源能源和生態環境保護等專項資金，開展相關專項審計調查。
（十）固定資產投資審計處。
組織審計省人民政府投資和以省人民政府投資為主的建設項目的預算執行情況和決算，開展相關專項審計調查。
（十壹）企業審計處（境外審計處）。
組織審計省屬國有企業和省人民政府規定的省屬國有資本占控股或主導地位的企業的資產、負債和損益，組織審計省駐外非經營性機構的財務收支，開展相關專項審計調查。
（十二）社會保障審計處。
組織審計省直民政、社會保障、衛生等主管部門的預算執行情況和決算，組織審計省直社會保障、衛生等主管部門、地級以上市人民政府管理和其他單位受省人民政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金，開展相關專項審計調查。
（十三）外資運用審計處。
組織審計國際組織和外國政府貸款、援助項目的財務收支，開展相關專項審計調查。
（十四）整改監督處。
負責審計報告、審計決定等文書的送達工作，依法檢查審計決定執行情況，督促糾正和處理審計發現的問題；牽頭起草審計發現問題的糾正和處理結果報告。
（十五）人事處（與機關黨委辦公室合署）。
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓、審計專業技術考評等工作；承辦協管地級以上市審計機關負責人的有關事項；負責機關和指導直屬單位的信訪、黨群工作。