經有關部門批準，管委會可以設置和調整有關管理機構，並賦予其相應的管理職責。第六條管委會組織編制保稅區產業發展規劃和區域建設規劃，並與崇左市、憑祥市相關規劃相銜接，報自治區人民政府批準後組織實施。
保稅區的開發建設應當符合保稅區的產業發展規劃和區域建設規劃。第七條保稅區外可以規劃壹定區域作為保稅區的配套區。配套區的規劃和計劃由管委會和崇左市人民政府共同制定，報自治區人民政府批準後實施。第八條自治區人民政府指定的保稅區開發經營主體享有保稅區的開發建設權和對所投資項目的使用權、經營權和收益權，負責非經營性基礎設施和監管設施的維護、經營設施的運行管理及其他後勤保障。第九條自治區、崇左市和憑祥市應當制定優惠政策和促進措施，在政策、規劃、項目、土地、資金、人才等方面支持保稅區的建設和發展。第十條自治區、崇左市和憑祥市應當加大對保稅區的投入，落實和完善相關財稅優惠政策。第十壹條根據自治區人民政府的授權或者自治區人民政府、崇左市人民政府、憑祥市人民政府的委托，管委會可以在保稅區實施下列行政審批:
(壹)外商投資項目的審批；
(二)投資項目的核準和備案以及可行性研究報告和初步設計的審批；
(三)建設項目選址意見書、建設用地規劃許可證和建設工程規劃許可證的審批；
(四)建設項目使用國有土地的審批；
(五)審批建設項目、建設項目設計方案和建設工程；
(六)臨時占用道路、道路挖掘、建築垃圾和工程渣土排放和處置的審批；
(七)建設項目配套綠化設計方案的審批和竣工驗收，臨時使用綠地(含公共綠地)的審批和戶外廣告的審批；
(八)審批境外人員進入保稅區的就業許可；
(九)自治區人民政府確定的其他行政審批。
管委會應當將實施行政許可的情況向受委托的行政管理部門備案；受委托的行政管理部門應當對管委會實施行政許可事項進行指導和監督。第十二條管委會應當在保稅區設立集中辦理行政審批事項的場所，實行壹窗受理、集中辦理、限時辦結和跟蹤服務制度。第十三條經自治區人民政府批準，管委會可以相對集中行使行政處罰權。
在管委會承擔的行政審批和日常管理事務範圍內，有關行政管理部門可以委托管委會行使相應的行政處罰權。第十四條在保稅區設立企業，應當依法報經有關行政管理部門批準後，方可登記註冊，由管委會組織有關行政管理部門集中辦理。工商行政管理部門應當自受理之日起7個工作日內完成企業登記審批手續。第十五條保稅區行政機構應當實行服務承諾制度，在管委會公眾網站上公布機構設置、職能、辦事程序和承諾事項，為企業提供高效便捷的服務。第十六條管委會應當組織協調海關、檢驗檢疫、邊檢、交通等駐保稅區部門建立保稅區口岸聯合監管協調機制，協調各監管部門對保稅區的監管工作，創新口岸監管體制，提高通關效率。第十七條建立聯檢機制，需要查驗的進出境貨物、車輛和人員，由海關、檢驗檢疫、邊防檢查、交通運輸等部門根據需要進行查驗。