三定方案”，即機構、編制和高層職能。因為政府機構的設立必須確定自己在做什麽，有哪些內設機構，內設機構的職責是什麽，部門有多少人，領導職數多少。中國機構編制網發布了水利部等八個部門的三個方案，詳細規定了各部門的職能配置、內設機構和人員編制。
根據十三屆全國人大壹次會議批準的《中共中央關於深化黨和國家機構改革的決定》、《深化黨和國家機構改革方案》和《國務院機構改革方案》，制定《水利部職能配置、內設機構和人員編制規定》。
擴展信息和水資源部有以下內部機構:
(1)辦公廳。負責機關日常運行，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、信息化、新聞宣傳等工作。
(2)策劃部。擬訂水利戰略規劃，組織編制重大綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃，審查重大水利建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計。組織和指導相關防洪示範工作。指導水工程建設項目的合規性審查。組織實施中央水利建設投資計劃，承擔水利統計工作。
(3)政策法規司。起草水利法律法規和部門規章，研究制定水利工作政策並監督實施。指導水利行政許可工作並進行監督檢查。承辦部行政訴訟、行政復議和行政賠償工作。組織指導水行政監察和水行政執法，協調跨省、自治區、直轄市的水事糾紛，組織查處重大水事違法案件。
(4)財務部。編制部門預算並組織實施，承擔財務管理和資產管理。組織提出中央水利財政資金安排建議，協調項目實施的監督管理和績效評價。對水價、稅費、資金和信貸提出建議。
(5)人事部門。承辦機關和直屬單位幹部人事、機構編制和勞動工資工作，指導水利行業人才隊伍建設。承擔水利體制改革的相關工作。
(6)水資源管理部門。承擔實施最嚴格水資源管理制度的相關工作，組織實施水資源取水許可和水資源論證制度，指導水資源有償使用。指導水量分配並監督實施，指導河湖生態流量和水量管理。組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護的相關工作。組織水資源調查和評價，組織編制和發布全國水資源公報。參與水功能區劃編制，指導入河排汙口管理。
(7)全國節約用水辦公室。制定節水政策，組織編制和協調實施節水計劃，組織指導計劃內和計劃外節水工作。組織實施用水總量控制、用水效率控制、計劃用水和定額管理制度。指導和推進節水型社會建設。引導城市汙水處理回用等非常規水源的開發利用。
(8)水利工程建設司。指導水利工程建設管理，制定相關制度並組織實施。組織指導水利工程蓄水安全鑒定驗收，指導重要江河堤防、重要病險水庫和重要水閘除險加固。指導水利建築市場監督管理和水利建築市場信用體系建設。
(9)運營管理部。指導水利設施的管理、保護和綜合利用，組織制定水庫運行調度規程，指導水庫、水電站大壩、堤防、水閘等水利工程的運行管理和勘界工作。
(10)河湖管理處。指導水域及其海岸線的管理和保護，指導重要江河、湖泊和河口的開發、管理和保護，指導江河湖泊的生態保護和修復以及江河湖泊的連接。監督管理河道采砂，指導河道采砂規劃和計劃，組織實施河道管理範圍內工程建設方案審查制度。
(11)水土保持司。承擔水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持方案並監督實施，組織水土流失監測、預測和公告，審查大中型開發建設項目水土保持方案並監督實施。
(12)農村水利水電司。組織大中型排灌工程建設和改造，指導農村飲水安全工程建設和管理，指導節水灌溉相關工作。組織制定農村水電資源開發規劃，指導農村水電電氣化、農村水電增效擴容改造、小水電代燃料等農村水電資源開發工作。指導農村水利社會化服務體系建設。承擔協調牧區水利工作。
(13)水庫移民處。承擔水利工程移民管理和後期扶持工作，組織實施水利工程移民驗收、監督和評估制度，審核大中型水利工程移民安置規劃，組織開展新建水庫移民後期扶持人口核定工作，協調推進對口支援工作。
(14)監督部門。監督檢查重大水利政策、決策部署和重點任務的落實情況。組織實施水利工程質量安全監督。指導水利行業安全生產工作，指導水庫、水電站大壩和農村水電站安全監管工作。
(15)水旱災害預防司。組織制定防洪抗旱規劃和防護標準、重要江河、湖泊和重要水工程的防洪抗旱調度、應急水量調度方案並組織實施。承擔水情和旱情的預警工作。組織、協調和指導蓄滯洪區的安全建設、管理和補償，承擔洪泛區、蓄滯洪區和防洪保護區的洪水影響評估。
(16)水文司。組織和指導全國水文工作，負責水文水資源(包括水位、流量、水質等要素)監測，負責全國水文站網的建設和管理。組織實施對河流、湖泊、水庫和地下水的監測。發布水文水資源信息和情報預報。
(十七)三峽工程管理部。組織提出三峽工程運行的相關政策建議，組織指導三峽工程運行調度規章制度的編制並監督實施。指導和監督三峽工程的運行安全。組織三峽工程驗收。承擔三峽工程後續工作計劃的組織實施、綜合協調、監督管理。
(十八)南水北調工程管理部門。協調南水北調相關重大政策措施的實施。組織南水北調工程的財務決算、審計和工程驗收。制定南水北調工程年度供水計劃並組織調度實施。指導和監督項目運營管理。組織南水北調後續工程的前期和施工管理。監督和指導地方配套項目建設。
(十九)調水管理部門。承擔跨區域、跨流域水資源供需形勢分析，指導水資源調度並監督實施，組織指導大型調水工程前期工作，指導監督跨區域、跨流域調水工程調度管理。
20.國際合作與科學技術部。承辦國際河流、國際合作和涉外事務，制定水利行業技術標準、法規和規範並監督實施，組織重大水利科學研究、技術引進和技術推廣。
機關黨委。負責北京市機關和直屬單位黨群工作。
中國組織網-水利部職能配置、內設機構和人員編制規定