壹、辦公室
制定局年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、調研、政務信息、稅收宣傳、文電處理、文書檔案、文印、保密和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；負責督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；協助領導對有關工作進行綜合協調。
另設機關服務中心與辦公室合署辦公，負責擬定本局後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責本局綜合治理工作；負責本局辦公物品的采購、保管、分配和維修工作；負責本局房產管理、安全保衛、醫療保健、裝備管理和物業管理等工作。
二、人事教育科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、獎懲、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責計劃生育管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作；負責本局思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理及其實施工作。
離退休幹部辦公室負責本局離退休幹部的管理和服務工作。
另設機關黨總支辦公室，負責本局的黨務、工會、***青團、婦聯等工作。與人事教育科合署辦公。
三、監察室
負責本局各級工作人員貫徹執行黨和國家的路線、方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報的受理、核查工作；負責本級管理的幹部違法違紀案件的查處；按照管理權限負責領導幹部的離任審計工作。
四、政策法規科
進行有關政策法規的調查研究；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；負責日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政復議、訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責處理納稅人對涉稅事項的復核、申訴；負責規範性文件的會簽把關、文件清理、稅收檢查案件的復查復審以及協調有關處室配合審計、財政監督等部門的外部監督工作；負責稅收業務印章（有專門規定的除外）的管理和本單位對外簽訂合同的把關等工作；辦理人大代表建議和政協委員提案等事項。
五、征收管理科
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度並制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記等稅收資料的管理；牽頭對征管質量的綜合考核；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟件和除涉及增值稅專用發票防偽稅控以外的稅控器具的推廣和應用工作；負責社會協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；負責納稅服務、日常稅源基礎管理及其綜合制度、辦法的制定；貫徹上級關於稅務代理方面的監督、管理、指導工作。
六、稅政管理科
負責流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）等稅種稅政業務的貫徹執行；擬訂有關流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）征收管理的具體辦法；負責增值稅專用發票有關政策的管理；負責金稅工程系統運行和增值稅防偽稅控系統的推廣應用及有關流轉稅業務的管理工作；負責稅務案件（重大稅務案件除外）的審理；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責涉外企業審核評稅、納稅評估、國際稅收協定執行、反避稅實施、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
七、收入核算科（財務管理科）
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款的核算和監督管理工作；負責對稅收票證的管理；負責本局經費、財務、基本建設、裝備和資產的資金管理工作；組織內部審計和指導政府采購工作；負責本局的財務管理和監督。
八、信息中心
組織本級信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；負責管理和維護計算機網絡、設備、應用系統和數據庫；參與上級組織的應用軟件開發；負責稅控器具在推廣中的應用及技術培訓工作，為稅收業務提供技術支持；負責計算機信息安全的技術工作。
九、進出口稅收管理科
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
十、辦稅服務廳
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
十壹、票證中心（與辦稅服務廳合署辦公）
負責發票的計劃、領取、發放、保管以及折讓證明單的領發；負責發票的鑒定；負責廢舊“兩卡”的收繳；負責對納稅人申請訂購發票的管理；負責組織發票專項檢查；負責填報各種發票報表；承辦領導交辦的其它工作。
十二、第壹稅務分局
經管行政區域範圍：長洲街、魚珠街、大沙街、黃埔街。
十三、第二稅務分局
主要負責轄區內小規模納稅人涉稅案件的查處工作，上級部門交辦、其他部門轉辦的壹般納稅人的專案稽查，上級部門交辦的專案協查工作；負責受理本區涉稅案件舉報，並查處檢查分工範圍內的案件；協助對口稽查局整頓、規範稅收秩序和開展稽查工作；在日常征管過程中協助清理漏征漏管戶、協助清理長期欠稅(經征管局采取各項措施多次催繳無效的欠稅釘子戶)、協助追蹤失蹤戶等；負責本區國家稅務局與對口稽查局的溝通、聯系和銜接工作；對本區內征管過程中發現的納稅人偷騙稅行為和線索向對口稽查局反映，並視情況作案源線索移送處理；對區域稽查局反饋的征管情況和執法情況及時向所在征管局反映；負責在辦案過程中與當地公安、檢察、法院等部門的協調工作。
十四、第三稅務分局
經管行政區域範圍：文沖街、紅山街、穗東街。
十五、第四稅務分局
經管行政區域範圍：南崗街、荔聯街、區內涉外企業。