第十壹條TIPS對稅務機關通過網間互聯傳來的電子繳款書信息進行校驗，校驗無誤的通過網間互聯或小額支付系統，將電子繳款書信息發送銀行；校驗有誤的，通過網間互聯退回稅務機關。
第十二條國庫與銀行通過網間互聯交換電子繳款書信息的，按以下流程處理相關業務：
（壹）TIPS收到銀行發來的扣款成功與不成功的回執後，將回執及時發送稅務機關。
（二）TIPS與銀行進行日間或日切信息核對，並產生扣款成功回執核對清單發送至銀行。
（三）國庫收到銀行通過支付系統或同城票據交換劃來的稅款後，與TIPS中扣款成功的電子繳款書信息進行比對。比對成功的，下載相應的電子繳款書信息導入TBS進行相關賬務處理，並按預算級次打印電子繳稅入庫清單，作相關待報解賬戶記賬憑證附件。比對不成功的，通過原資金來賬渠道向銀行發出查詢，在收到查復信息後作相應處理；日終處理時仍未收到查復的，TBS作掛賬處理。
（四）下級國庫的資金由上級國庫集中與銀行清算的，在資金與信息比對成功後，上級國庫將屬於下級國庫的稅款，通過大額支付系統或國庫內部往來劃轉下級國庫。下級國庫收到屬於本國庫的稅款後，從TIPS下載本級庫的電子繳款書信息，導入TBS辦理報解、入庫手續。
上級國庫收到銀行並筆劃來的稅款，應在“國庫待結算款項”科目下設置的“待劃轉集中清算資金款項戶”核算，按銀行劃款批次和收款國庫對稅款進行劃分；劃分清楚後，於當日、至遲次日上午劃轉稅款所屬國庫，並按銀行劃款批次、庫別打印電子繳款書信息匯總清單（見附表）作“待劃轉集中清算資金款項戶”借方憑證附件。
第十三條國庫與銀行通過小額支付系統交換電子繳款書信息的，按以下流程處理相關業務：
（壹）國庫將校驗無誤的電子繳款書信息下載到TBS，編制小額借記業務包，通過城市處理中心（以下簡稱CCPC）發送至銀行。
（二）國庫收到銀行發回的小額借記業務回執後，根據《國庫會計核算業務操作規程》和《中國人民銀行國庫資金清算業務處理手續》的有關規定進行賬務處理。同時，將小額借記業務回執及時提交TIPS，TIPS將回執中扣款成功與不成功信息發送稅務機關。
（三）下級國庫的資金由上級國庫集中與銀行清算的，比照本辦法第十二條第四款辦理。
第十四條國庫收到銀行通過同城票據交換提交的紙質繳款書後，與稅務機關通過網間互聯傳來的經校驗無誤的電子繳款書信息進行手工銷號，銷號成功的，將電子繳款書信息下載到TBS進行報解、入庫處理；銷號不成功的，在TIPS手工錄入紙質繳款書，復核無誤後將繳款書信息下載到TBS進行報解、入庫處理。
第十五條國庫收到稅務機關提交的紙質收入退還書和通過網間互聯發來的收入退還書電子信息後，根據退庫業務管理相關規定進行審核。審核無誤的，將紙質收入退還書與相應的電子信息進行手工銷號，銷號成功的，將收入退還書電子信息導入TBS進行賬務處理和款項劃轉；銷號不成功的，將相應的收入退還書電子信息退回稅務機關更改。審核有誤的，按有關退庫業務管理規定辦理。
第十六條國庫收到稅務機關提交的紙質更正通知書和通過網間互聯發來的更正通知書電子信息後，根據更正業務管理有關規定進行審核。審核無誤的，將紙質更正通知書與相應的電子信息進行手工銷號，銷號成功的，將更正通知書電子信息導入TBS進行更正業務處理；銷號不成功的，將相應的更正通知書電子信息退回稅務機關更改。審核有誤的，按有關更正業務管理規定辦理。
第十七條國庫收到稅務機關提交的紙質“免、抵”稅調庫通知書和通過網間互聯發來的“免、抵”稅調庫通知書電子信息後，根據相關文件資料和規定進行審核。審核無誤的，將紙質“免、抵”稅調庫通知書與相應的電子信息進行手工銷號，銷號成功的，將“免、抵”稅調庫通知書電子信息導入TBS進行“免、抵”稅調庫業務處理；銷號不成功的，將相應的“免、抵”稅調庫通知書電子信息退回稅務機關更改。審核有誤的，按有關“免、抵”稅調庫業務管理規定辦理。
第十八條國庫受理的無電子信息的紙質繳款書、收入退還書、更正通知書、“免、抵”稅調庫通知書，應在TIPS手工錄入，經復核無誤後下載到TBS處理。
第十九條各級國庫日終後將TBS中已辦理報解、入庫的各級預算收入報表等上傳TIPS。