國家稅務局實行中央、省、市、縣垂直領導體制。1994實行分稅制改革時，原稅務局分為國稅局和地稅局。人民呼籲將國家稅務局和地方稅務局合並。國稅局主要負責征收中央稅和中央與地方享有的稅收，地稅局主要負責征收地方稅(詳細分工略)。國家稅務總局和中華人民共和國國家稅務總局是兩個不同的概念。
主要功能
(壹)起草稅收法規，制定實施細則；提出國家稅收政策建議並與財政部討論匯報，制定實施辦法。
(二)參與研究宏觀經濟政策、中央與地方的稅權劃分，提出完善分稅制的建議；研究稅收負擔總體水平，提出運用稅收手段進行宏觀調控的建議；制定稅務業務規章制度並監督實施；指導地方稅收征管業務。
(三)組織實施稅收征管體制改革；制定藏品管理制度；監督檢查稅收法律、法規和方針政策的執行情況。
(四)組織實施中央稅、國稅、農業稅和國家指定的基金(費)的征收管理；編制長遠稅收規劃和年度稅收計劃；解釋稅收法規執行中的征管和壹般稅收問題；組織辦理工商稅收減免和農業稅收減免等具體事宜。
(五)開展稅收領域的國際交流與合作；參與涉外稅收的國際談判，草簽並執行相關協議和協定。
(六)辦理進出口商品的稅收和出口退稅業務。
(七)管理國家稅務局系統(以下簡稱國稅系統)的人事、勞動工資、機構和經費；管理省國家稅務局局長、副局長及相應級別的幹部，提出省地方稅務局局長的任免意見。
(八)負責稅務隊伍的教育培訓、思想政治工作和精神文明建設；管理直屬機構。
(九)組織稅收宣傳和理論研究；組織實施註冊稅務師管理；規範稅務代理行為。
(十)承辦國務院交辦的其他工作。
中華人民共和國國家稅務總局對全國稅務系統實行垂直管理，配合省人民政府對省地方稅務局實行雙重領導。