1、征收的稅種不同。
國稅證征收的稅種為國稅，主要有增值稅、消費稅、燃油稅、車輛購置稅、出口產品退稅、儲蓄存款利息個人所得稅等十余種。地稅證征收的稅種為地稅，主要有個人所得稅、城鎮土地使用稅、資源稅、房產稅等。
2、所歸屬管理機關不同。
國稅證由國家稅務局或各地的國稅局負責辦理發放，歸國家稅務局管理。地稅證由地方稅務局負責辦理發放，歸地方稅務局管理，同時地稅局分別歸屬國家稅局和地方政府雙重管理。
3、稅收入庫層級不同。
歸屬國稅證征收的稅收收入是需上繳國庫的，由國家財政部統壹規劃使用。歸屬地稅證征收的稅收收入需入膠地方財政庫，歸地地方政府使用。
擴展資料：
國稅稅務登記證，蓋的是國家國稅局的章。地稅稅務登記證，蓋的是關地稅局的章。在我國有壹些地方，地稅和國稅事聯合核發稅務登記證的，即同壹個稅務登記證，同時有地稅局和國稅局兩個章的情況，該證件是合法有效的。
2018年7月5日，全國各市級國稅局、地稅局合並，535個市級新稅務局集中統壹掛牌並對外履行職責，這標誌著國稅地稅征管體制改革順利向縱深推進。根據國稅地稅征管體制改革總體部署，改革已經進入“改好省局樹樣板”與“市縣推進全覆蓋”並行的階段。
百度百科-國稅
百度百科-地稅
人民網-稅務總局：535個市級稅務局集中統壹掛牌國地稅合並改革進入新階段