理想的增值稅抵扣制度能夠消除重復征稅。但由於稅制模式選擇及稅收征管的原因，即使是較早實行增值稅的發達國家也難以做到完全的分攤和抵扣。這種抵扣的有限性或不充分，使得增值稅制度只能在不同程度上減少重復征稅，不能完全消除重復征稅。隨著我國增值稅征收範圍全覆蓋，增值稅抵扣面臨量大、面廣和點散的復雜局面，這將給下壹階段增值稅抵扣制度的設計和征管增加難度。
增值稅抵扣制度，指增值稅納稅人可將其在外購商品或有償接受勞務過程中（不包括雇傭的人工）所繳納的增值稅在其自身應納增值稅稅額中扣除的制度。增值稅的抵扣結果有兩種情形：壹種是可抵扣稅額小於或等於應繳增值稅稅額，這時納稅人需繳差額部分或者不需繳納；另壹種是可抵扣稅額大於應繳增值稅稅額，這種情況下各個國家的處理方式不盡相同。
第壹種方式是留抵制度。即未抵扣完的進項稅只能留到下期繼續抵扣，直至抵扣結束。目前世界上只有中國、巴西和阿根廷等少數國家采用留抵制度。中國實行的並非徹底的留抵制度，對少數項目允許退稅。例如，國家稅務總局2016年10月在“增值稅留抵稅額退稅優惠辦理”辦事指南事項中規定，符合條件的增值稅壹般納稅人特定事項產生的留抵稅額，可以按照壹定的計算公式予以計算退還，具體包括：（1）符合條件的集成電路重大項目增值稅留抵稅額退稅。（2）對外購用於生產乙烯、芳烴類化工產品的石腦油、燃料油價格中消費稅部分對應的增值稅額退稅。納稅人可在每月納稅申報期結束後，通過填寫《退（抵）稅申請審批表》《減免稅申請報告》以及相關資料向主管稅務機關申請辦理退稅。這些政策壹定程度上減輕了所屬行業或產品在流轉環節的稅收負擔。
第二種方式是退稅制度。即如果納稅人當期進項稅額超過了銷項稅額，納稅人有權要求稅務機關就超額的進項稅予以退還。目前世界上大多數國家均采用這種制度，比如英國、德國、瑞典、芬蘭、日本和韓國等。英國《增值稅法案》第七十九條規定，在納稅期間內，如果進項稅額超過銷項稅額，英國稅務機關必須在30天內退還超額部分，但需要在規定期限內確認退稅是否合理。如果稅務機關不遵守這些規定，他們有責任支付應納稅額5%的罰款。日本稅法規定，可抵扣進項稅額超過銷項稅額的，如果納稅人填寫了退稅申報，納稅期間超過的部分應在當期退還，沒有結轉制度，也沒有其他稅收抵免制度。芬蘭稅法規定，如果存在超額進項稅額，則由稅務機關每月自動退還。
壹些國家對於納稅人申請退稅沒有特殊的條件限制，但部分國家納稅人只有滿足規定的條件後稅務機關才予以退稅。比如法國，對於按年度申報的納稅人，如果退稅金額不超過150歐元，納稅人可以根據要求在年度結束時獲得超額進項稅的返還。納稅人有義務在發生超額進項稅額的年度結束後的1月份，使用3519表格（Demande de remboursement de crédits de taxes）填寫增值稅退稅申請表。對於按季度申報的納稅人，如果符合以下條件，可在壹年中前三個季度每季度末獲得退稅：（1）退款至少為760歐元；（2）納稅人有義務使用表格3519填寫退稅申請，並提交增值稅申報表，以顯示有超額進項稅。而按月度申報的納稅人，在壹定的限制條件下也可以獲得超額進項稅的返還。在意大利，申請退還增值稅時，年度納稅申報金額應當超過2582.28歐元，且必須符合以下條件之壹：（1）意大利的標準稅率為22%，同時設置三檔低稅率，分別為10%、5%和4%，如果企業要申請退稅，其購買商品所適用的增值稅平均稅率必須超過銷售商品所適用稅率的10％；（2）企業出口到歐盟國家的商品、國際服務的銷售額超過總營業額的25%；（3）涉及資本貨物的收購或研發產生的增值稅；（4）按照供應規則，主要服務在意大利境外提供；（5）申請人是在意大利註冊的非居民企業增值稅納稅人。其中（1）、（2）和（3）（後者僅適用於資本貨物的采購額超過全部采購額的2/3）以及進口適用增值稅的，納稅人可以按季度申請退稅。其余則按照年度進行退稅。如果不符合上述條件，但在當年和以前兩個年度的增值稅申報表中進項稅額均超過銷項稅額，則納稅人可以申請三個年度中金額最低的退稅。只有滿足條件的納稅人方可向稅務機關申請退稅。
大多數國家在實行退稅之前，稅務機關會對納稅人進行現場審計，以確認納稅人的退稅申請是否合理。有壹些國家的退稅制度中還規定了加快增值稅退稅的情形，即在現場審計完成之前退還超額的進項稅額。比如俄羅斯稅法規定，加快增值稅退稅適用於符合下列條件的納稅人：（1）在此前3個年度內，納稅人進行商業活動所需支付的增值稅（不包括離境轉移貨物和作為稅務代理人支付的增值稅）、消費稅、利得稅以及礦物開采稅的總額不低於70億盧布；（2）自開展經營活動起至少3年；（3）納稅人向稅務機關提供符合要求的銀行擔保或保證。在這種情況下，稅務機關必須在納稅人提交增值稅退款請求之日起5日內決定，是否給予加速增值稅退稅。如果隨後的現場審計判斷無法進行增值稅退稅，納稅人可能會面臨支付罰款和利息的懲罰。韓國的退稅制度中也存在提前退稅的情況。正常情況下，可退稅金額會在最後壹次增值稅納稅申報到期之日起30日內退還給企業主。但如果企業提供的商品適用零稅率，或在購置新的商業設施，擴大或延長有關的交易的過程中產生了進項稅，可以申請提前退稅以減輕有關企業的經濟負擔。提前退稅是在最後壹次增值稅納稅申報到期之日起15日內，退還給企業。
第三種方式是抵扣其他未償債務。這其實是實行退稅的另壹種變通方式，俄羅斯和加拿大等國家實行這種方式。俄羅斯規定超額進項稅額可通過向稅務機關抵扣納稅人的未償債務予以收回，只有在納稅人書面要求稅務機關退稅時才將超額進項稅退還給納稅人。在新加坡，商品及服務稅審計師有時可以被委任為征收其他稅款的稅務局長或其他稅務委員的代理人，並將進項稅抵免額用於其他稅收債務。實際上，稅務機關只對特別困難的納稅人行使這種權力。在加拿大，如果納稅人沒有在商品服務稅收或任何其他聯邦稅收計劃賬戶下欠款，稅務機關將向納稅人支付凈退稅。但如果納稅人有其他聯邦稅收債務，可以用於抵免其他債務。
從國際比較來看，絕大多數國家，尤其是發達國家均實行退稅制度。有些國家超額進項稅每月自動退還，有些國家需要在滿足壹定條件之後向稅務機關提出退稅申請。但總的來說，大多數國家納稅人的超額進項稅是可以得到退還的。反觀我們國家，受財政收入及管理等客觀因素制約，除了在出口環節以及兩個特殊項目之外，並沒有建立起廣泛的增值稅退稅制度，而是實施增值稅留抵制度，這使得有留底稅金的企業所繳納的增值稅不能完全轉嫁至下壹個環節，也影響了增值稅在其他環節的稅負轉嫁。
從1994年開始，中國稅收政策總體上處於結構性減稅過程。如果要尋找下壹次減稅政策著力點，從理論上看，下壹步可考慮逐步將增值稅留抵制度改革為退稅制度，這樣不僅能大大減輕存在留抵企業的稅負，而且能夠連通增值稅稅負轉嫁鏈條。尤其在供給側結構性改革的大背景下，這也是壹種很有針對性的“去庫存”的助力政策，能夠達到精準減稅的目的。當然，實施這壹政策，需要考慮壹些外部因素，如對財政收入影響、強有力的增值稅征管條件等。