哈爾濱市國家稅務局內設11個行政處室，級別為正處級；另設機關黨委辦公室、離退休幹部管理辦公室。
1. 辦公室
制定局機關和系統的年度工作計劃及長遠發展規劃，處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅收宣傳工作；制定辦公規章制度；指導辦公自動化工作；辦理人大代表建議和政協委員提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
2. 政策法規處
進行稅政調查研究；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題；擬定稅收綜合業務的規章制度；負責稅收業務的協調和法律事務；對稅收法律、法規的執行情況進行監督檢查；承擔稅收法規文件的清理、鑒定及匯編工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；辦理稅務行政訴訟和行政復議等事項。
3.流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的征收管理和稅政業務；貫徹執行流轉稅法規、規章並對執行情況進行監督檢查；擬定有關流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責推廣和管理增值稅防偽稅控系統；負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的日常稽核和檢查工作。
4.所得稅管理處
負責企業所得稅和儲蓄存款利息所得稅等稅種的征收管理和稅政業務；對分管稅種的具體問題進行解釋和處理；負責擬定所得稅征收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
5. 征收管理處
組織實施綜合性稅收征管法律、法規、規章制度和辦法；組織實施稅源管理和納稅服務；負責稅收征管質量考核；負責征管文書和征管檔案管理；負責稅收征管軟件和除涉及增值稅防偽稅控系統以外的稅控器具的推廣和應用；負責個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責普通發票管理制度建設；負責對普通發票承印企業的管理；負責企業自印發票的審批及審核上報。
6. 財務管理處
負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和資產的管理工作；制定各項管理制度；組織內部審計和政府采購工作。
7. 計劃統計處
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責監督檢查稅收票證的使用情況。
8.進出口稅收管理處
負責進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核審批、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
9. 人事處
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理工作；負責下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查工作，按照管理權限負責領導幹部的離任審計及出國政審工作。
離退休幹部辦公室（副處級，掛靠人事處）。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
10. 教育處
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責本系統的工會、青年、婦女工作；負責稅務培訓機構和教育經費的管理工作。
11. 監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理的幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作。
機關黨委辦公室。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年、婦女工作；負責局機關的思想政治工作和黨群工作。