對於稽核比對結果為不符、缺聯的海關繳款書，納稅人應於產生稽核結果的180 日內，持海關繳款書原件向主管稅務機關申請數據修改或者核對，逾期的其進項稅額不予抵扣。
額不予抵扣屬於納稅人數據采集錯誤的，數據修改後再次進行稽核比對;不屬於數據采集錯誤的，納稅人可向主管稅務機關申請數據核對，主管稅務機關會同海關進行核查。
經核查，海關繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業務壹致的，納稅人應在收到主管稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
擴展資料：
海關發票是供進口國海關核定貨物的原產地國，以采取不同的國別政策；供進口商向海關辦理進口報關、納稅等手續；供進口國海關掌握進口商品在出口國市場的價格情況，供進口國海關作為統計的依據。
稅務機關通過稽核系統將納稅人申請稽核的海關繳款書數據，按日與進口增值稅入庫數據進行稽核比對，每個月為壹個稽核期。海關繳款書開具當月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月、次月及第三個月。
海關繳款書開具次月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月及次月。海關繳款書開具次月以後申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月。
稽核比對的結果分為相符、不符、滯留、缺聯、重號五種：
相符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼壹致，並且比對的相關數據也均相同。
不符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼壹致，但比對的相關數據有壹項或多項不同。
滯留，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期內系統中暫無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼，留待下期繼續比對。
缺聯，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期結束時系統中仍無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼。
重號，是指兩個或兩個以上的納稅人申請稽核同壹份海關繳款書，並且比對的相關數據與海關已核銷海關繳款書數據相同。
國家稅務總局、海關總署聯合公告