1998年8月財稅分設。海南省地方稅務局升格為省政府直屬機構（正廳級）。海口市設立地方稅務局（正處級）；其他各市縣財政稅務局分設為財政局、地方稅務局，均為同級政府工作機構。全省地方稅務機構實行省局垂直管理體制。內設辦公室、計劃財務處、人事教育處（與機關黨委、工會合署辦公）、監察處、法規稅政處、征收管理處、所得稅管理處、農業稅管理處（局）、信息處等9個處級職能機構和稽查局（處級直屬機構）。垂直管理海口20個直屬地稅局。
2000年5月，省政府根據中央、國務院機構改革方案，對省地方稅務局內設機構進行了調整。2000年11月，省政府決定將社會保險費改由地方稅務機關征收，並批準設置海南省地方稅務局社會保險費征稽局。海南省地方稅務局內設辦公室、計劃財務處、人事教育處（與機關黨委、工會合署辦公）、紀檢監察室、法規稅政處、征收管理處、所得稅管理處、農業稅管理處（農業稅征收管理局）、社會保險費征稽局等9個處級職能機構，下設稽查局（處級直屬機構）和信息中心（處級附屬事業單位），2003年瓊山市並入海口市後，垂直管理海口等19個直屬地稅局。
2002年7月，海南省人民政府批準海南省地方稅務系統機構改革方案，再次明確了全省地方稅務系統機構設置、職能配備和人員編制。全省地方稅務系統實行省以下垂直管理；各市縣農稅局和社會保險費的征稽機構，實行省地方稅務局與市縣政府雙重管理，除海口、洋浦經濟開發區以省地方稅務局管理為主外，其他市縣以市縣政府管理為主的管理體制。
2006年4月，***青團海南省地方稅務局委員會成立。
2007年11月，為理順機構設置，建立健全管理機制，海南省地方稅務局內設機構進行了新調整，將局法規稅政
處分設為政策法規處和地方稅管理處。至此，海南省地方稅務局內設辦公室、計劃財務處、人事教育處（與機關黨委、工會、團委合署辦公）、紀檢監察室、政策法規處、地方稅管理處、征收管理處、所得稅管理處、農業稅管理處（農業稅征收管理局）、社會保險費征稽局等10個處級職能機構，下設稽查局（處級直屬機構）和信息中心（處級附屬事業單位）。
2008年，海南省地方稅務局內設機構進行了增設，新設立了營業稅管理處、規費管理處、行政審批辦公室，至此，海南省地方稅務局內設13個處級職能機構，下設稽查局（處級直屬機構）和信息中心（處級附屬事業單）。
2009年，海南省地方稅務局主要職責、內設機構、人員編制進行了調整，根據職責內設機構調整為辦公室、組織人事處（原人事教育處，機關黨委、工會、團委、老幹部工作處合署辦公）、政策法規處、督察內審處（新增機構）、征收管理處、納稅服務處（大企業稅收管理處）（新增機構）、營業稅處、地方稅處、所得稅處、耕契稅處（原農業稅管理處）、社會保險征稽局、規費處、行政審批辦公室等14個處級職能機構，下設省局稽查局（處級直屬機構）、省局第壹、二、三、四、五稽查局（副處級直屬機構）和信息中心（處級附屬事業單位）。 2009年，全省地稅稽查體制進行了改革，將全省原有的20個稽查局整合為6個，建立省級分片稽查體制，即：海南省地方稅務局稽查局、第壹稽查局、第二稽查局、第三稽查局、第四稽查局、第五稽查局，海南省地方稅務局稽查局為直屬正處級機構，負責全省地方稅務稽查工作。