稅收優惠，是指政府根據國家法律、行政法規以及有關的方針政策，利用稅收制度，減輕特定納稅人應履行的納稅義務，以此來補貼納稅人的某些活動或者相應的納稅人行為。針對農民專業合作組織的稅收優惠政策有兩個方面，壹是享受國家規定的對農業生產、加工、流通、服務和其他涉農經濟活動相應的稅收優惠；二是針對農民專業合作社發展的特別稅收優惠扶持政策，特別規定主要是針對增值稅。
（1）所得稅方面。
①《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》第八十六條規定，企業所得稅法第二十七條第（壹）項規定的企業從事農、林、牧、漁業項目的所得，可以免征、減征企業所得稅，是指：企業從事下列項目的所得，免征企業所得稅：1.蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；2.農作物新品種的選育；3.中藥材的種植；4.林木的培育和種植；5.牲畜、家禽的飼養；6.林產品的采集；7.灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目；8.遠洋捕撈。企業從事下列項目的所得，減半征收企業所得稅：1.花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；2.海水養殖、內陸養殖。
② 財政部、國家稅務總局聯合下發的《關於企業所得稅若幹優惠政策的通知》）（財稅字[1994]001號）規定：對農村的為農業生產的產前、產中、產後服務的行業，即農民專業技術協會、專業合作社，對其提供的技術服務或勞務所取得的收入暫免征收所得稅。
③ 財政部、國家稅務總局《關於國有農口企事業單位征收企業所得稅問題的通知》（財稅[1997]第049號）對國有農口企事業單位從事種植業、養殖業和農林產品初加工業取得的所得暫免征收企業所得稅。
④《國家稅務總局關於明確農業產業化國家重點龍頭企業所得稅征免問題的通知》（國稅發[2001]124號）明確規定：對從事種植業、養殖業和農林產品初加工的農業產業化國家重點龍頭企業暫免征收企業所得稅。
⑤ 國家確定的貧困縣的農村信用社可定期免征企業所得稅。其他地區的微利農村信用社可按照壹般微利企業減低稅率征收企業所得稅。
⑥《國家稅務總局關於貫徹〈中***中央國務院關於促進農民增加收入若幹政策的意見〉落實有關稅收優惠的公告》明確規定：對專營種植業、養殖業、飼養業和捕撈業的個體工商戶或個人，對其所得不再征收個人所得稅。
⑦ 財政部、國家稅務總局聯合發布的《享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工範圍（試行）》（財稅[2008]149號）及財政部、國家稅務總局《關於享受企業所得稅優惠的農產品初加工有關範圍的補充通知》（財稅[2011]26號）明確了享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工的具體品種範圍（具體內容請登錄www.cfc.agri.gov.cn查閱）。
（2）增值稅方面。
①《中華人民***和國增值稅暫行條例》（國務院令[1993]134號），第十六條免稅條款規定：農業生產者銷售的自產農業產品免征增值稅。
② 部分農業生產資料免征增值稅。財政部、稅務總局《關於農業生產資料免征增值稅政策的通知》（財稅[2001]113號）規定，生產銷售農膜，除尿素以外的氮肥、除磷酸二銨以外的磷肥、鉀肥以及以免稅化肥為主要原料的復混肥，部分農藥、除草劑，批發和零售的種子、種苗、化肥、農藥、農機等免征增值稅。
③ 部分飼料產品免征增值稅。財政部、稅務總局《關於飼料產品免征增值稅問題的通知》（財稅[2001]第121號）規定了免稅飼料產品範圍包括單壹大宗飼料、混合飼料、配合飼料、復合預混料和濃縮飼料。
④ 部分省（區、市）的稅務部門規定，合作社銷售成員和非成員生產和初加工的農產品免征增值稅。
⑤《財政部、國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知（財稅[2008]81號）》除對合作社印花稅進行減免外，還對增值稅做出了優惠規定：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅；增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。
（3）營業稅方面。
①《中華人民***和國營業稅暫行條例》第六條規定：農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牧畜、水生動物的配種和疾病防治免征營業稅。
② 1994年稅改後營業稅的免稅項目規定，由國家社團主管部門批準成立的非營利社會團體按規定標準收取的會費等可免征營業稅。
③ 財政部、稅務總局《關於對若幹項目免征營業稅的通知》規定，將土地使用權轉讓給農業生產者用於農業生產免征營業稅。
④ 稅務總局《關於農業土地出租征稅問題的批復》規定，將土地承包（出租）給個人或公司用於農業生產收取的固定承包金（租金）免征營業稅。
⑤ 國務院頒布的《關於調整金融保險業稅收政策有關問題的通知》規定，將金融保險業營業稅由5%提高到8%，農村信用社營業稅在1997年12月31日前按5%稅率征收，1998年1月1日起按8%稅率征收，但後來還是改為按6%稅率征稅。
（4）部分地方稅收規定。
各地方政府重視發揮合作社的作用，扶持合作社發展的政策更加具體，稅收更加優惠。
① 免征房產稅和城鎮土地使用稅。浙江、黑龍江、江西等地免征合作社部分房產稅和城鎮土地使用稅。浙江省地方稅務局發出《關於農民專業合作社若幹稅費政策問題的通知》，規定對合作社的經營用房，免征房產稅和城鎮土地使用稅，黑龍江、江西等地也有類似規定。
② 靈活抵扣增值稅。江蘇、廣東等地合作社普通發票具有與增值稅發票相同效力，廣東省國家稅務局發出《關於進壹步加強農民專業合作社稅收管理有關問題的通知》，規定增值稅壹般納稅人從合作社購進免稅農業產品，憑合作社開具的農產品銷售發票上註明的農產品買價和13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。
③ 擴大增值稅優惠範圍。浙江、江西等地擴大增值稅優惠範圍。《浙江省農民專業合作社條例》規定，合作社銷售非成員農產品不超過合作社成員自產農產品總額部分，視同農戶自產自銷。
④ 免征營業稅。黑龍江、安徽、江西、四川、湖南、重慶等地免征合作社部分營業稅。《黑龍江省農民專業合作社條例》規定，合作社從事農業機耕、排灌、病蟲害防治、植物保護、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治，免征營業稅。四川、湖南、重慶等地都做出類似規定。浙江省進壹步對從事農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治所取得的收入，免征營業稅、城建稅、教育費附加和地方教育附加。對農民個人發展農家樂休閑旅遊、紅色旅遊、森林旅遊和民俗風情旅遊，按期納稅的營業稅起征點提高到5000元。對為農村提供垃圾處理、汙水處理和保潔服務取得的勞務收入，免征營業稅、城建稅、教育費附加、地方教育附加和水利建設專項資金。
⑤ 擴大免征印花稅範圍。江西省農業廳等八部門聯合下發《關於加快農民專業合作社發展的若幹意見》規定，被國家指定為收購部門的合作社，與村民委員會、農民個人訂立的農副產品收購合同免納印花稅。
⑥ 免征稅務登記證工本費。重慶、廣東、山東、安徽、遼寧等地免征合作社稅務登記證工本費。重慶市農委、國稅局、地稅局***同發出《關於做好農民專業合作社稅收有關工作的通知》，要求重慶市各地國稅、地稅部門要積極引導合作社按照稅法的規定辦理稅務登記證，落實免收稅務登記工本費的政策，廣東、山東、安徽、遼寧也有類似規定。
⑦ 靈活核定納稅申報期限。重慶市三部門《通知》規定，要從合作社生產銷售的實際情況出發，註意區分季節性、臨時性生產銷售行為和不間斷、經常性生產銷售行為，根據稅法規定，靈活核定合作社的納稅申報期限。
⑧ 提供稅收咨詢和服務。重慶市三部門《通知》規定，各地國稅、地稅部門應有針對性的對本區域合作社開展辦稅輔導，解答有關合作社涉稅規定的咨詢，壹次性告知辦理發票領購、享受稅收減免所需資料、辦理流程等，對符合政策規定的合作社輔導其辦理減免稅手續，為農民提供便捷、高效的服務。