(1)辦公室。負責文電、會議、機要文件等機關的日常運行，承擔相關文件的起草、信息、宣傳、統計、信訪、財務、行政、保密等工作；編制審計工作計劃，安排年度審計項目計劃；管理監督機關和直屬單位的財務收支情況；聯系特別審計員。
(2)法律部。起草審計工作地方性法規草案；參與起草地方性財經法規和政策；聽取與審計業務有關的事項；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦行政復議和行政應訴。
(3)財務審計局。負責對省級預算執行和其他財政收支的審計，擬定省級預算執行的審計實施方案，匯總審計結果；負責審計省級財政組織預算執行情況，省級地稅系統稅收征管情況，省級國庫省級預算資金收支情況，省轄市、縣(市)預算執行情況、決算及其他財政收支情況；負責對省財政廳、地方稅務局等部門及其所屬單位的財務收支進行審計；開展相關專項審計調查。
(4)行政審計局。負責審計省人大、CPPCC機關、政黨組織和與省財政有關系的社會團體的財務收支；負責審計省政府有關部門(不含派出機構審計範圍)和直屬單位的財務收支；開展相關專項審計調查。
(5)農業、資源和環境保護審計局。負責對省直機關和省轄市、縣(市、區)政府管理的農業、資源、能源和生態環境保護專項資金進行審計；開展相關專項審計調查。
(6)固定資產投資審計局。負責審計監督省重點建設項目預算執行和決算，審計監督省級政府投資建設項目預算執行和決算；對省政府有關部門的財務收支進行審計(不含審計署審計範圍)；開展相關專項審計調查。
(7)財務審計局。負責對省屬國有金融機構、專門從事長期股權投資或長期債權投資活動的省屬國有企業、省政府規定的省屬國有資本占控股或主導地位的金融機構的資產、負債和損益進行審計(不含審計署審計範圍)；開展相關專項審計調查。
(8)經貿審計局。負責對省政府有關部門(不含審計署審計範圍)和直屬單位的財務收支進行審計；負責對省政府規定的省屬國有企業和省屬國有資本占控股地位或主導地位的企業的資產、負債、損益進行審計；開展相關專項審計調查。
(9)社會保障審計局。負責對省政府有關部門(不含審計署審計範圍)和直屬單位的財務收支進行審計；負責對省政府及其部門委托省政府主管部門、省轄市政府及其他單位管理的社會保障資金、社會捐贈資金和彩票公益金進行審計；開展相關專項審計調查。
(10)利用外資審計局。負責對國際組織和外國政府援助、貸款項目、省政府駐外非經營性機構的財務收支進行審計(不含審計署審計範圍)；開展相關專項審計調查。
(十壹)經濟責任審計辦公室。研究制定全省經濟責任審計的有關規定和辦法；負責指導和檢查全省經濟責任審計工作；組織、協調和監督依法受省審計廳審計監督的省級領導幹部和其他領導人員的經濟責任審計；承擔河南省經濟責任審計領導小組辦公室的日常工作。
(12)人事部門。負責機關及直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓工作；承辦省級審計機關負責人的有關事項；組織和指導全省審計系統的教育培訓工作。
(13)機關黨委。負責本部門和直屬單位的黨群工作，指導全省審計系統的精神文明建設。
離退休幹部辦公室。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。