(壹)備案材料
1.納稅人申請減免稅，主要包括:企業基本情況(企業名稱、經營範圍、註冊資本等。);代理業務(經營方式、境內外業務、費用結算等。).
2.納稅人申請減免稅審批表
3、商務部國際貨運代理企業備案。或交通主管部門批準頒發的《無船承運業務資格登記證》、《國際船舶代理業務資格登記證》和《外商獨資船務公司營業執照》(驗原件，留復印件)。
4.與委托人和其他代理人簽訂的國際貨運代理合同或協議、確認書等正式合同；如有多份合同，應以合同清單匯總表的形式提供(表格樣本見附件1)(核對合同原件，留存復印件)。
5.通過金融機構與客戶及其他代理人結算的證明(驗原件，留復印件)。
(二)備案程序
1.2014年9月1日起，符合公告免稅條件的納稅人，應於次月到主管稅務機關備案後，方可辦理免稅申報。
2、符合《公告》免稅規定，納稅人辦理備案的備案期限為2014年9月1日。
3.為統壹免稅備案資料，已按照財稅[2013] 106號文件規定辦理國際貨運代理免稅備案的納稅人，需要從9月14日起重新辦理備案。
三、管理要求
(1)免稅期
自2014年9月1日起，提供國際貨運代理服務的納稅人，符合財稅[2013]號文件及公告中免稅條件的，可享受增值稅免稅政策。2014年9月1日之前的國際貨運代理業務仍按原政策執行。
(二)資金結算
財稅[2013] 106號文件及公告規定的“金融機構結算”通過企業賬戶結算。包括:①向委托人收取的所有代理服務收入，②支付給其他代理人的與國際貨運代理服務免稅業務相關的所有費用。個人銀行卡結算和現金支付不享受免稅。
(3)應稅免稅劃分
1.適用免稅政策的納稅人不得在同壹張提單項下對不同客戶或不同業務適用免稅和應稅政策。
2.提供國際貨運代理服務的納稅人可以免除免稅。納稅人放棄免稅權利，其所有增值稅應稅貨物或服務、應稅勞務均按適用稅率征稅，且36個月內不得申請免稅。
3.納稅人提供國際貨運代理服務以及國內倉儲(含堆場)、裝卸、報關等服務，同時符合以下三個條件的，可以分別申報應稅和免稅，分別開具增值稅專用發票和普通發票，否則，應按適用稅率申報繳納全部服務收入稅款。
(1)國際貨運代理及其他應稅業務代理合同應分別與委托方和其他代理方簽訂；
(2)國際貨運代理及其他應稅業務代理收入應單獨核算；
(三)試點納稅人從事貨運代理業務取得的進項稅額中，屬於國際貨運代理免稅項目的部分應轉出。不能單獨劃分免稅項目和應稅項目的進項稅額，按照當期銷售額的比例進行分攤。
(4)發票開具
享受免稅國際貨運代理服務的納稅人不得開具增值稅專用發票，但可以開具普通發票。免除免稅的，納稅人可以開具增值稅專用發票。
㈤後續管理
1.享受國際貨運代理企業免稅的納稅人，每月應按照《國際貨運代理企業申請免征增值稅業務清單》(見附件2)的要求，逐筆填報免稅業務，並與申報的免稅銷售額保持壹致。
2.納稅人應按月保存申請免征增值稅的國際貨運代理業務清單，並妥善保管相關紙質資料，稅務機關應隨時進行檢查。如發現問題，按有關規定處理。
附件:
1.國際貨運代理企業申請免稅合同匯總表
2.國際貨運代理企業申請免征增值稅的業務清單。