機關基層黨組織工作應當遵循的原則有：堅持和加強黨的全面領導；堅持黨要管黨、全面從嚴治黨；堅持圍繞中心、建設隊伍、服務群眾；堅持以上率下；堅持繼承和創新相結合，增強機關黨建工作實效等。
1、堅持和加強黨的全面領導
旗幟鮮明講政治，把政治標準、政治要求貫徹到工作全過程和事業發展各方面。堅持黨的領導與政治屬性是機關基層黨組織建設的首要原則，它不僅關乎機關基層黨組織建設的整體方向，也深刻影響甚至決定機關基層黨組織建設的整體效果。
2、堅持黨要管黨、全面從嚴治黨
抓住“關鍵少數”、管好“絕大多數”，始終保持黨的先進性和純潔性。貫徹落實全面從嚴治黨是機關基層黨組織建設的內在要求與重要原則，也是機關基層黨組織保持先進性與純潔性的重要保證。
3、堅持圍繞中心、建設隊伍、服務群眾
推動黨建工作與業務工作深度融合、相互促進。
4、堅持以上率下
發揮領導機關和領導幹部示範引領作用。領導機關和領導幹部在機關黨組織中處於核心地位和關鍵作用，抓住領導機關和領導幹部就抓住了機關基層黨組織建設的“牛鼻子”。因此，推進機關基層黨組織建設要充分發揮領導機關和領導幹部的示範引領作用。
5、堅持繼承和創新相結合，增強機關黨建工作實效
繼承與創新是機關黨建工作發展的兩個基本向度。推進新時代機關黨建，不斷增強機關黨建工作的實效性，需要總結凝練黨在革命、建設、改革不同時期加強機關黨建的成功經驗，並不斷創新，融入工作的方方面面。
黨的建設基本論述：
中國***產黨要領導全國各族人民實現社會主義現代化的宏偉目標，必須緊密圍繞黨的基本路線，加強黨的執政能力建設、先進性和純潔性建設，以改革創新精神全面推進黨的建設新的偉大工程，整體推進黨的思想建設、組織建設、作風建設、反腐倡廉建設、制度建設，全面提高黨的建設科學化水平。
堅持立黨為公、執政為民，堅持黨要管黨、從嚴治黨，發揚黨的優良傳統和作風，不斷提高黨的領導水平和執政水平，提高拒腐防變和抵禦風險的能力，不斷增強黨的階級基礎和擴大黨的群眾基礎，不斷提高黨的創造力、凝聚力、戰鬥力，建設學習型、服務型、創新型。