(1)辦公室
負責文電、會議、機要、檔案、財務、資產等機關的日常運行；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、督查督辦、政務協調、新聞發布等工作。
(二)法規處(行政審批處)
研究教育改革和發展戰略，對重大問題進行政策研究；起草教育方面的地方性法規和省政府規章草案；承擔全省教育系統法制建設和依法行政的相關工作；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，承辦相關的行政復議和行政訴訟。根據國家有關教育的方針、政策和法律法規，負責全省教育行政管理中有關行政審批事項的受理和審批；負責組織協調行政審批事項的探索、論證、審查和上報工作；負責相關行政許可的發放；負責行政審批專用章的使用和管理；負責行政審批事項的行政復議和行政訴訟；負責法律、法規和規章規定由教育行政部門承擔的其他行政審批事項。
(3)發展規劃辦公室
擬訂教育發展規劃；承擔省屬高校管理體制改革的相關工作；會同有關部門制定高等教育招生計劃；會同有關部門制定各級學校設置標準的實施辦法；會同有關方面研究提出高等學校的設立、撤銷、更名和調整的意見；承擔基礎教育信息的統計、分析和報告工作；負責教育系統的基本建設，會同有關部門制定各級學校建設標準的實施辦法；承擔省屬高等學校和直屬單位的基建管理工作；承擔民辦教育的統籌規劃、綜合協調和宏觀管理；承擔高校安全監管和後勤社會化改革管理工作。
(4)人事部門
負責機關及直屬單位人事管理、機構編制、勞動工資等工作；承擔指導教育系統人才隊伍建設的工作；規劃和指導高等學校教師隊伍和教育系統管理幹部隊伍建設；組織實施幹部教育培訓；會同有關部門，制定落實各級學校教職工編制標準的意見。
(5)高校幹部處(高校工委組織部、主辦單位辦公室)
指導高校黨建工作。協助省委組織部管理省屬本科院校副職和專科(高職)院校副職；代表省委協助國家有關部委管理吉林省直屬高校領導班子和領導幹部。指導全省高校黨的基層組織建設和黨員管理教育工作，統壹管理省屬高校和與省教育廳有業務指導關系的民辦高校、獨立學院的黨組織關系。負責大學幹部的培訓。
(6)財務審計辦公室
參與制定全省籌集教育經費、分配教育經費和資助學生的政策措施；統計和監督全省教育經費的投入和使用情況；負責省屬高等學校和直屬單位的國有資產、預決算、財務管理和內部審計；參與義務教育經費保障機制和相關教育專項資金的管理；管理各類教育資助和教育貸款；負責協調工商、稅務和財政檢查。
(7)基礎教育司
指導基礎教育工作。重點推進義務教育均衡發展，規範義務教育學校辦學行為，實施素質教育，會同有關方面提出加強農村義務教育的政策措施。起草基礎教育教學基本文件，推進教育教學改革。指導中小學德育、學前教育、校外教育、安全管理、殘疾兒童特殊教育和工讀教育。指導中小學教學信息化、圖書館和實驗設備的配置。指導和管理中小學教材的編寫和審定工作。
㈧職業和成人教育部
承擔職業教育的統籌規劃、綜合協調和宏觀管理。擬訂中等職業教育基本教學要求和教學指導性文件；指導中等職業教育的教學改革和教材建設；負責中等職業學校學籍管理工作；指導中等職業學校教師培訓；會同有關處室指導高等職業教育工作。承擔成人教育和青少年掃盲的宏觀指導工作。
(9)高等教育司
承擔高等教育教學的宏觀管理。指導高等教育教學基本建設和改革；指導和改進高等教育評估工作；起草高校教學指導性文件。指導各級各類高等繼續教育和遠程教育。
(10)民族教育司
指導和協調少數民族教育專項工作；統籌規劃和指導少數民族雙語教育；指導中小學生的民族團結教育；負責協調對少數民族和民族地區的教育援助。
(十壹)師範教育處(省語言文學工作委員會辦公室)
規劃和指導中小學教師隊伍建設；指導師範教育和教師培訓的教學改革；指導教師資格制度的實施；組織實施語言文字標準化工作；監督檢查語言文字的使用情況；組織實施“漢語拼音方案”，指導推廣普通話和培訓普通話教師；承擔少數民族語言文字標準化工作，指導少數民族語言文字信息處理的研究和應用；承擔省語言文字工作委員會的日常工作。
(12)教育指導小組辦公室
擬定地方教育督導的相關制度和督導指標體系，指導全省教育督導工作；組織對中等及中等以下教育和掃除青壯年文盲工作的監督、評估、檢查和驗收；發布省政府教育督導報告；組織全省基礎教育發展水平和質量監測；承擔省政府教育督導組的日常工作。
(13)高校思想政治工作部(高校工委宣傳部)
承擔高等學校學生和教師的思想政治工作；統籌協調高校思想政治理論教育教學師資培養和學科建設；指導高校精神文明和輔導員隊伍建設；指導全省高等學校的理論宣傳和形勢政策教育；負責高校統戰工作；負責高校網絡文化的建設和管理。承擔教育系統新聞電視的指導和協調工作。
(14)學院學生事務處
承擔各類高等教育的學籍和學歷管理工作；指導省級以下各級教育行政部門和高等院校開展大學生就業指導和服務；參與制定普通高等學校畢業生就業政策；組織實施國家和省急需緊缺畢業生專項就業計劃。
(15)學校安全部(高校工委群工作部)
貫徹國家有關學校安全穩定的方針、政策、法律法規；配合相關部門，負責高校穩定和政治安全工作，及時反映和處理重大安全突發事件；指導中小學安全穩定工作；協調指導學校社會治安綜合治理和安全文明校園建設；指導高校的群團工作；指導高校保衛幹部隊伍建設。
(十六)科研產業處(省學位委員會辦公室)
規劃和指導高等學校的科學技術、哲學社會科學研究工作；協調指導高校參與國家和省創新體系建設，協調指導高校承擔國家和省重大科技項目等各類科技計劃和重大哲學社會科學研究項目的實施；指導高校科技創新平臺的開發和建設；指導高等學校教育信息化和產學研結合；協調高等院校和直屬單位出版物的監督管理。組織實施《中華人民共和國學位條例》；擬定全省學位與研究生教育的改革和發展規劃；指導和管理研究生培養和學科建設的相關工作；承擔國家和省重點學科的建設和管理；負責“211工程”和“985工程”的實施和協調；承擔省學位委員會辦公室的具體工作。
(十七)體育健康與藝術教育司
指導各級各類學校的體育、衛生與健康教育、藝術教育和國防教育工作；擬訂相關政策、教育教學指導性文件；規劃和指導相關專業的教材建設和師資培訓；協調大中學生參加國際體育比賽和藝術交流活動。
(十八)國際合作與交流部
組織和指導國際教育合作與交流。負責出國留學、來華留學、中外合作辦學、外國人子女學校的管理；承擔涉外教育督導的相關工作；規劃、協調和指導漢語國際推廣工作；開展與港澳臺的教育合作與交流。
(十九)省高等學校紀委
負責檢查監督高校黨組織和黨員領導幹部遵守黨的紀律；檢查和處理高校黨組織和黨員違反黨紀的重大案件；指導高校黨組織開展黨風廉政建設；領導高校紀委工作；承擔高校紀檢幹部的培訓工作；協助省高校工委做好高校領導班子黨風廉政建設工作；向省紀委、省高校工委匯報情況和工作。
(20)老幹部工作部
負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位和高等院校離退休幹部工作。直屬機關黨委。負責機關及直屬單位黨群工作。