集美大學在職研究生開設的專業主要是於非全日制研究生，需要參加全國統考，經過初試復試後方可入學。在職研究生學費根據學校規定來收費，集美大學學費是農業碩士8000元/生·年；教育碩士和體育碩士10000元/生·年；稅務碩士、社會工作碩士、機械碩士、生物與醫藥碩士、交通運輸碩士11000元/生·年；會計碩士15000元/生·年；藝術碩士45000元/生·全程，考生可以根據自己的實際情況進行選擇。
非全日制研究生報考條件是國家承認的大學本科畢業學歷的人員、高職高專畢業學歷後滿2年或2年以上達到本科畢業生同等學力、已獲碩士或博士學位的人員，管理類專業還會要求考生具有壹定年限的工作經驗。
在職人員也可以選擇同等學力申碩學習，同等學力申碩免試入學，壹般大專及以上學歷就可以報名學習，完成學業後可以獲得結業證，滿足條件的學員可以參加申碩考試申請碩士學位。熱門專業有法學、企業管理、社會學在職研究生等。同等學力申碩學費相對較低，壹般專業都在2-4萬元之間。申碩考試每年5月進行全國聯考，3月在中國學位與研究生教育信息網進行網上報名，考生要在規定年限內分別通過外語和專業課綜合兩科達到及格線才行。
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