（1）、ECFA對兩岸貿易的影響
協議的早收清單中，大陸對臺灣的免稅項目有539項（這還不包括2005年8月1日起對原產於臺灣地區的15種進口鮮水果實施零關稅），臺灣對大陸有267項，如果2011年1月1日能得以實施，2013年以上商品的關稅稅率將降至為零。早期收獲以及後續貨物貿易的進壹步協商和實施，將使得臺灣進入大陸的關稅成本大為降低。ECFA有利於位於臺灣企業的產品進入大陸，例如，大陸對進口高級自行車仍課有13%以上的重稅，如果ECFA實施後，臺灣高級車輸出到大陸，價格上將具有優勢。
目前臺灣仍對2000多項大陸產品列為禁止進口名單之內，此外，另有500余項中國大陸產品系屬有條件開放進口，ECFA早收協議臺灣將對大陸的267項商品實行免稅，雖然對大陸商品進入臺灣的影響有限，但是畢竟是朝著雙邊互惠的方向在發展。
作為零關稅的早收清單的補充，協議中制定了臨時原產地規則，在兩岸經營貨物制造及貿易者，應檢視在臺灣或大陸生產的貨物是否符合臨時原產地規則。
（2）、ECFA對兩岸服務業的影響
ECFA中關於服務貿易的早收協議的實施，開放服務業和降低服務業的進入門檻，將有利於臺灣企業在大陸的投資，也有利於臺灣在大陸的投資由生產制造性轉型為服務業為主。
ECFA實施後，將進壹步刺激陸資入臺，進入旅遊、會議展覽、經紀中介等行業，這將有助於增加臺灣本地的商業機會和增加就業。
（3）、ECFA對在大陸的臺資企業轉型升級的影響
現在臺灣企業在大陸的投資主要是加工貿易的生產制造企業，主要利用大陸廉價的勞動力和其它資源，產品銷往其它國家。隨著大陸消費能力提升，以及大陸勞動力和資源成本提高，臺灣企業面臨轉型升級的要求，需要開拓內銷市場。早期收獲以及後續貨物貿易的進壹步協商和實施，將使得臺灣進入大陸的關稅成本大為降低。ECFA有利於大陸的臺資企業利用原產於臺灣的貨物在大陸生產並開拓內銷市場，例如，將加工貿易企業轉變為壹般貿易進口後在大陸市場大陸對進口水泥課8%的關稅，ECFA實施後，臺灣過剩的熟料就可以運往大陸研磨廠加工後內銷大陸。因此，臺灣企業應評估產品通過何種方式進入大陸市場，並綜合各種因素重新考慮企業的組織結構和生產模式。
隨著大陸制造業的利潤空間逐漸被不斷上漲的人工成本、材料成本、匯率成本和稅務成本侵蝕，利潤空間越來越小。許多臺灣資本已經在服務業占有壹席之地，如娛樂業的錢櫃、零售業的易初蓮花等，服務業的進壹步開放和降低門檻將有利於臺資轉型為服務業。
（4）、ECFA對兩岸政治的影響
ECFA無疑將使兩岸的經濟合作更加緊密，ECFA能否如壹些人評論的那樣，政治上也將帶來和平和諒解。ECFA對政治上的影響有利有弊，壹方面，以前的經濟合作僅限於臺灣資本、商品和服務、勞動力等已經深度進入大陸，而大陸的資本、商品和服務、勞動力很少進入臺灣，經濟合作是單方向的、是偏臺灣的。ECFA後，如果不能繼續或者加大單方向偏向臺灣，臺灣民眾將會不買ECFA的賬，如果加大這種不平衡勢必會使大陸民間資本對臺資、外資競爭的劣勢；另壹方面，自由貿易向來是雙刃劍，可是本地的優勢產業更優勢，劣勢產業更劣勢