試點納稅人提供的建築勞務適用簡易計稅方法的，銷售額為總價和價外費用扣除分包款後的余額；試點納稅人提供的建築勞務適用壹般計稅方法的，取得的總價和價外費用視同銷售額。
如果選擇壹般計稅方式，甲方可以抵扣乙方開具的增值稅專用發票；企業選擇簡易計稅方法的，增值稅專用發票進項不能抵扣。
全面營改增後，施工企業增值稅差額總承包應如何征稅進行核算？
壹、對建築企業征收增值稅的分類和稅務處理的區別
1、建築業企業征收增值稅的分類和條件差異
根據中華人民共和國國家稅務總局2016公告第17號的規定，施工企業征收的增值稅分為兩類:
第壹類是建築工地差價預繳的增值稅；
第二類是公司註冊地與申報增值稅的差異。
第壹類分為兩種類型:
(1)發生分包業務時，按壹般計稅方法征稅的總承包方的總分包差額，應預繳增值稅；
(2)分包業務發生時，按簡易計稅方法征稅的總承包方的總分包差額，應預繳增值稅。
第二類只有壹個差額申報增值稅，即簡易計稅方法征稅的總承包方的總分包差額申報增值稅。
2、區別建築企業征收增值稅的條件
根據中華人民共和國國家稅務總局2017第65438號公告和中華人民共和國國家稅務總局2016第53號公告，建築業企業的差別化增值稅必須符合以下條件。
(1)施工企業總承包必須分包，包括專業分包、承包商分包和勞務分包。
(2)在項目施工所在地異地預繳增值稅的，施工企業必須跨縣(市、區)提供施工服務。建築企業公司註冊地與建築勞務發生地屬同壹國稅局管轄的，不在建築勞務發生地預繳增值稅。
(三)建築業企業跨縣(市、區)提供建築勞務或者建築企業公司註冊地與建築勞務發生地為同壹國家稅務總局管轄地的，采用簡易計稅方法的總承包企業只要發生分包業務，就在公司註冊地的差額申報增值稅為零。
(4)分包商向總承包商開具增值稅發票時，必須在增值稅發票備註欄中註明施工服務發生地的縣(市、區)和項目名稱。
(五)建築業企業跨縣(市、區)提供建築勞務的，在向建築勞務發生地主管國稅機關預繳稅款時，應填寫《增值稅預繳稅金表》，並提供以下資料:
(1)與發包人簽訂的施工合同復印件(加蓋納稅人公章)；
(2)與分包商簽訂的分包合同復印件(加蓋納稅人公章)；
③從分包商處取得的發票復印件(加蓋納稅人公章)。
3、建築業企業征收增值稅的區別對待
(1)當地國稅局與項目差額增值稅預繳處理。
根據《納稅人跨縣(市、區)提供建築勞務增值稅征收管理暫行辦法》(中華人民共和國國家稅務總局2016公告第17號)第四條、第五條、第七條、第八條規定， 以及《中華人民共和國國家稅務總局關於營業稅改征增值稅試點稅收征管問題的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2016第23號)第四條第(三)項規定，建築業企業跨縣(市、區)提供建築勞務的，按照下列規定預繳增值稅。
壹是壹般納稅人建築業企業總承包人跨縣(市、區)提供建築勞務，適用壹般計稅方法的，對取得的總價和價外費用扣除分包款後的余額，按照2%的扣繳率計算應預繳的稅款。
計算公式如下:
預繳稅金=(總價及價外費用-已支付分包合同)÷(1+11%)×2%
二是壹般納稅人建築業企業總承包人跨縣(市、區)提供建築勞務，選擇適用簡易計稅方法的，以分包款扣除總價和價外費用後的余額為基數，按照3%的稅率計算預繳稅金。
計算公式如下:
預繳稅金=(總價及價外費用-已支付分包合同)÷(1+3%)×3%
三是小規模納稅人建築業企業總承包人跨縣(市、區)提供建築勞務，對扣除分包款後取得的總價和價外費用余額，按照3%的征收率計算預繳稅金。
計算公式如下:
預繳稅金=(總價及價外費用-已支付分包合同)÷(1+3%)×3%
四是施工企業取得的總價和價外費用扣除分包款後的余額為負數的，可以結轉下期預繳稅款時繼續扣除。
(2)國稅局與公司註冊地差額增值稅零申報的辦理。
因為只有使用簡易計稅方法的總承包商有轉包行為，才會發生公司在國稅局註冊申報增值稅差額的情況。而且在分包的情況下，采用簡易計稅方法的總承包方已經在項目所在地按照3%的稅率差預繳增值稅，在公司註冊地按照3%的稅率差申報增值稅。基於避免重復征稅的考慮，采用簡易計稅方法的總承包商只能在公司註冊地稅務局零差申報增值稅。