2000年8月31日，總局向國務院匯報金稅工程二期的建設方案並得到批準。2001年7月1日，增值稅防偽稅控發票開票、認證、交叉稽核、協查四個子系統，在全國全面開通，兩個月來，總體運行情況良好，對加強增值稅專用發票管理，打擊偷、騙稅犯罪行為，增加稅收收入等方面起到積極有效的作用。 金稅工程現存主要問題是采集的信息局限於發票，無法真正實現“稅控”的目的，需要將系統功能拓展到壹般納稅人認定、發票發售、納稅評估等業務環節。 在整個稅收工作形勢中，增收因素與以往相比明顯不同，無論在依法治稅、從嚴治隊、組織收入、監控稅源和加大執法打擊力度以及減少執法隨意性等方面，都有明顯成效，其中金稅工程二期的順利運行發揮了不可低估的作用。因此，建立壹個業務覆蓋全面、功能強大、監控有效、全國聯網運行的稅收信息管理系統勢在必行。同時， 為了提高執法力度和執法效率，必須加強稅務部門與其它部門，如工商、銀行、外貿、海關、質監、公安、統計等系統的信息***享，實現跨部門的網絡互聯，加快電子政府工程的進程。
金稅工程三期是在對金稅工程二期四個子系統進行功能整合、技術升級和業務與數據優化的基礎上，進壹步強化征管功能，擴大業務覆蓋面，形成有效的、相互聯系的制約和監控考核機制。 主體軟件CTAIS（中國稅務信息管理系統）將建立如下七大子系統，***35個模塊：
1．管理子系統：主要用於稅前的事務處理，包括稅務登記、認定管理、發票管理、待批文書、稅額核定、證件管理、檔案管理、外部信息采集以及咨詢服務九大模塊。
2．征收子系統：主要用於稅中的事務處理，包括納稅申報、稅款征收、納稅評估、出口退稅管理、稅收計劃（含重點稅源分析）、稅收會計、稅收統計、票證管理八大模塊。
3．稽查子系統：主要用於稅後的事務處理，包括稽查選案、稽查實施、稽查審理、案卷管理以及反避稅五大模塊。
4．處罰子系統：主要用於稅前、稅中、稅後的違法違章的處罰的事務處理。
5．執行子系統：主要用於前四大子系統產生的各類稅務決定的執行與保全事務處理，包括壹般執行、稅收保全、強制執行三大模塊。
6．救濟子系統：主要用於對納稅爭議的事務處理，包括行政復議、行政訴訟應訴、行政賠償三大模塊。
7．監控子系統：主要用於市局、省局、總局的縱向監控、指導、協調，包括日常業務、統計查詢、分析監控、質量考核、報表管理和決策支持六大模塊。
上述七大子系統35個主模塊將使金稅工程二期的發票管理功能與整個涉稅管理功能緊密結合，融為壹體，從而，全面覆蓋基層國稅、地稅機關的所有稅種、各個環節、各個方面的稅收業務處理，同時滿足市局、省局和總局各級管理層的監控、分析、查詢和輔助決策需求。