新系統因系統穩定性、流程再造和操作等因素，在短期內可能會出現系統運行不暢等情況，從而對辦理業務造成影響。網上申報的納稅人，也要爭取壹個早字，避免申報後期系統繁忙，登陸不上。而代開發票、辦理稅務登記最好錯開申報期。另外納稅人對金稅三期配套軟件操作界面不熟悉，可能需要花費更多時間。
二、簡化了辦稅事項
計劃上，今後包括納稅申報、發票領購、紅字發票等涉稅業務，將都可以通過網上辦理，從而大大簡化辦稅手續。
三、全國範圍的數據***享以及引入外部數據。
金三上線將為稅務管理打上“大數據”的標簽，借助於大數據，稅務機關的稅源管理、納稅評估、稅務稽查甚至轉讓定價審理都將更有針對性，更為精準。便於稅務機關更精細化的監管納稅人，反逼納稅人提高納稅遵從度，降低稅務風險。
四、稅務管理業務流程化。
金三工程 將更為弱化稅務管理員的職責，業務推送也使得各項涉稅事項在金稅三期留下痕跡，便於稅務機關對內監管，提升稅務機關的廉潔度，在辦理各項業務時更為鐵面無私，試圖通過個別稅務人員影響納稅結果將不可能，這要求納稅人只能通過做好納稅規劃，才能降低納稅成本。
五、納稅人獲得稅務資訊平臺更權威。
今後納稅人獲得稅務資訊、納稅輔導將只能依賴於稅務機關的公眾服務平臺及前臺，不能再依賴於無所不能的稅收管理員。專業的稅務服務將因金稅三期及稅務管理改革而受益，將成為企業發展不可或缺的外部智囊與服務提供商。
六、開放端口，為企業端的數據化管理提供了機會。
可以預見，與金稅三期相匹配的的企業端服務軟件將大大發展，如增值稅發票管理開票系統等，將助力企業控制稅務風險，降低管理成本。
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