出口企業（包括外貿出口企業和生產企業）開展進料加工業務，必須先持經貿主管部門的批件，送主管其出口退稅稅務部門審核簽章，稅務部門須逐筆登記並將復印件留存備查。海關憑蓋有主管出口退稅稅務部門印章的經貿主管部門的批件，方能辦理進口料件“登記手冊”。出口企業因故未能執行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理註銷手續（署監［1996］32號）。
二、“進料加工貿易申報（請）表”的辦理
外銷貿出口企業以“進料加工”貿易方式減稅（或海關保稅監管）進口材料、零部件轉售其他企業加工時，應先填具“進料加工貿易申報表”，報經主管其出口退稅的稅務機關同意簽章後再將此申報表報送主管其征稅的稅務機關，並據此在開具增值稅專用發票時可按規定稅率計算註明銷售料件的稅額，主管出口企業征稅的稅務機關對這部分銷售料件的銷售發票上所註明的應交稅額不計征入庫，而由主管退稅的稅務機關在出口企業辦理出口退稅時，在退稅額中抵扣（國稅發［1994］031號）。
生產企業以“進料加工”貿易方式進口料、件加工復出口的，必須先持經貿主管部門的批件，送主管其出口退稅稅務部門審核簽章，稅務部門須逐筆登記並將復印件留存備查。海關憑蓋有主管出口退稅稅務部門印章的經貿主管部門的批件，方能辦理進口料件“登記手冊”。生產企業對其進口料件應根據海關核準的《進料加工登記手冊》填具“進料加工貿易申請表”，報經主管其出口退稅的稅務機關同意簽章後，再將此申請表報送主管其征稅的稅務機關，並準許其在計征加工成品的增值稅時對這部分進口料、件按規定退稅率計算稅額並予扣減（財稅字［1997］14號、財稅字［1998］116號）。
三、進料加工業務的電子化管理
出口企業應按出口退閣電子化管理辦法的要求將進口料件逐筆錄入計算機，以便進料加工貿易申報（請）表的辦理和退稅機關對進料加工業務出口退稅的審核。
退稅部門應及時利用計算機錄入“進料加工貿易申報（請）表”，並與出口退稅其他有關電子數據進行核對，核對無誤後方能出具“進料加工貿易申報（請）表”（國稅發［1996］79號）。