戰國以前，靖遠境內為中國古代北方少數民族羌人和戎人所占據，戰國末期。
秦代，滅義渠戎，置北地郡，郡治義渠，靖遠境域始劃入秦國版圖。
西漢武帝元鼎三年，靖遠境內始置祖厲、鶉陰二縣，屬安定郡，郡治高平，為靖遠縣級行政建制之開端。
新莽時期，改祖厲縣為鄉禮縣。
東漢時期，祖厲縣治南遷，鶉陰縣改為鹯陰縣，屬武威郡。
三國時期，屬魏國武威郡。
東晉十六國時期，後趙將祖厲縣南遷，置隴東郡。前秦於鹯陰縣地置平涼郡。西秦屬苑川郡。
南北朝時期，北魏置高平鎮，鹯陰縣屬之。西魏置會州，靖遠始稱會州。北周改會州為會寧防。
隋朝時期，會寧防改為會寧鎮，後改為會寧縣，屬平涼郡。
唐代初期，改會寧縣為西會州，後復為會寧縣，屬關內道。
北宋時期，西夏國曾兩度攻陷靖遠地，置敷川縣。
崇寧三年改為敷文縣，屬涇原路。
南宋時期，先後為金、西夏攻陷，金改敷文縣為保川縣。
元代，仍為會州，屬陜西行省鞏昌府。
明代初期，裁會州，於叠烈遜設巡檢司戍守。
清代，順治元年，改靖虜衛為靖遠衛，屬鞏昌府。
康熙二年，靖遠衛並入隴右道。
雍正八年，改靖遠衛為靖遠縣，屬鞏昌府。
乾隆二年，靖遠縣改屬蘭州府。
民國三年，甘肅省設七道，靖遠縣屬蘭山道。
1949—1961年，隸屬定西地區。
1961—1963年，劃歸白銀市管轄。
1964—1985年，復屬定西地區。
1985年8月，白銀市恢復成立，靖遠縣復歸白銀市管轄。
1996年，靖遠縣面積5677平方千米，人口44.3萬人。轄1個鎮、20個鄉：城關鎮、興隆鄉、東灣鄉、糜灘鄉、烏蘭鄉、北灣鄉、中堡鄉、平堡鄉、石門鄉、劉川鄉、高灣鄉、雙龍鄉、靖安鄉、五合鄉、東升鄉、大蘆鄉、北灘鄉、永新鄉、若笠鄉、曹峴鄉、三灘鄉。縣政府駐城關鎮。
2000年第五次人口普查，全縣總人口463076人，其中：城關鎮38817人，平堡鄉18580人，北灣鄉31793人，中堡鄉10678人，糜灘鄉23350人，三灘鄉20974人，烏蘭鄉32304人，東灣鄉43001人，大蘆鄉20383人，興隆鄉13504人，雙龍鄉14817人，石門鄉17407人，劉川鄉20245人，高灣鄉26112人，靖安鄉13830人，五合鄉30326人，東升鄉21283人，北灘鄉35461人，永新鄉11719人，若笠鄉9771人，曹峴鄉8721人。
2002年，北灣、東灣2鄉撤鄉建鎮。2005年1月，烏蘭鄉與城關鎮合並為烏蘭鎮；撤銷曹峴鄉並入若笠鄉；撤銷中堡鄉，將其所轄中堡、營坪2個村並入北灣鎮，營防、賈口、上灘3個村並入烏蘭鎮。
2007年末，全縣轄烏蘭、東灣、北灣3個鎮和平堡、糜灘、三灘、劉川、若笠、大蘆、高灣、興隆、雙龍、石門、永新、靖安、五合、東升、北灘15個鄉，***有9個社區、175個行政村，60個居民小組、1125個村民小組。
2008年末，全縣轄3個鎮、15個鄉：北灣鎮、東灣鎮、烏蘭鎮、平堡鄉、糜灘鄉、三灘鄉、大蘆鄉、興隆鄉、雙龍鄉、石門鄉、劉川鄉、高灣鄉、靖安鄉、五合鄉、東升鄉、北灘鄉、永新鄉、若笠鄉，175個行政村，1125個村民小組，農村人口9.49萬戶44.10萬人。2010年第六次人口普查，靖遠縣常住人口454925人。
2012年，靖遠縣下轄3鎮15鄉：烏蘭鎮、東灣鎮、北灣鎮、劉川鄉、糜灘鄉、平堡鄉、若笠鄉、三灘鄉、大蘆鄉、高灣鄉、北灘鄉、東升鄉、靖安鄉、石門鄉、雙龍鄉、五合鄉、興隆鄉、永新鄉。