(二)提交材料:經業務主管單位同意，向擬設立代表機構所在地省級人民政府公安機關境外非政府組織管理辦公室(登記管理機關)提交申請設立代表機構登記的文件和材料。
(3)專家評估:登記機關對境外非政府組織設立代表機構的申請進行審查，必要時可以組織專家進行評估。
(四)公告:登記機關對獲準登記的境外非政府組織代表機構進行審查，頒發登記證書，並向社會公告。登記事項包括:名稱、住所、業務範圍、活動區域、首席代表、業務主管單位。
(五)登記備案:境外非政府組織代表機構憑登記證依法辦理稅務登記和刻制印章，在境內銀行開立銀行賬戶，並將稅務登記證復印件、印章式樣和銀行賬戶報登記管理機關備案。
1.境外非政府組織在中國註冊設立代表機構必須符合以下條件:
1.在海外合法成立；
2.能夠獨立承擔民事責任；
3.章程規定的宗旨和業務範圍有利於公益事業的發展；
4.出國兩年以上並開展實質性活動；
5.法律、行政法規規定的其他條件。
二、境外非政府組織設立代表機構需要公證和認證的文件和手續。
境外非政府組織提交的證明材料和章程，以及擬擔任境外非政府組織首席代表的外國人和香港、澳門、臺灣省居民的身份證明，按照下列程序確認:
1.外國人的身份證明、在外國合法成立的非政府組織的文件材料、章程，以及在外國存續兩年以上並開展實質性活動的文件等。，應經本國公證機關或公證員公證(外國法律有特殊規定的除外)並經相關機構認證，並經我國駐該國使(領)館認證；
2.香港居民的身份證明、在香港合法成立的民間組織的證明材料和章程、在香港存續兩年以上並開展實質性活動的證明材料，應當經內地認可的公證機構公證；
3.澳門居民的身份證明、在澳門合法成立的民間組織的證明材料和章程、在澳門存續兩年以上並開展實質性活動的證明材料，應當經澳門特別行政區政府公證部門或者內地認可的公證機構公證；
4.臺灣省居民應當提交證明其身份的《臺灣居民來往大陸通行證》，在臺灣省轄區內依法成立的非政府組織的證明材料及其章程，在臺灣省內已存在兩年以上並開展實質性活動的證明材料，應當經當地公證機構公證。
法律依據:《中華人民共和國中外非政府組織境內活動管理法》。
第十五條有下列情形之壹的，境外非政府組織代表機構由登記機關予以註銷，並向社會公告:
(壹)境外非政府組織撤銷代表機構的；
(二)境外非政府組織終止的；
(三)境外非政府組織代表機構被依法撤銷登記或者吊銷登記證書的；
(四)因其他原因終止。
境外非政府組織代表機構註銷登記後，設立該代表機構的境外非政府組織應當妥善處理善後事宜。境外非政府組織代表機構不具有法人資格，涉及相關法律責任的，由境外非政府組織承擔。
第十六條境外非政府組織在中國未設立代表機構，在中國境內開展臨時活動的，應當與中國境內的國家機關、人民團體、事業單位、社會團體(以下簡稱中方合作單位)合作。