1，含義不同
增值稅專用發票作為納稅人反映其經濟活動的重要會計憑證，也是賣方納稅義務和買方進項稅的法律憑證。它是增值稅計算和管理中重要的、決定性的、合法的專用發票。
普通發票是指在購銷商品、提供或者接受服務等經營活動中開具和收取的收付憑證。
2.發票使用實體不同。
增值稅專用發票壹般只供增值稅壹般納稅人使用。
普通發票主要由營業稅納稅人和增值稅小規模納稅人使用，增值稅壹般納稅人在不能開具專用發票時也可以使用普通發票。
3.發票構成不同
(1)增值稅發票
增值稅專用發票由壹張基本聯或壹張基本聯加其他聯組成，基本聯三聯:
第壹聯:記賬聯，即賣方的發票聯，是賣方的記賬憑證，即賣方是銷售貨物的原始憑證，票面“稅額”指“銷項稅額”，“金額”指銷售貨物的“價不含稅”發票聯，具有復印功能，壹次開具，三聯內容壹致。
第二個環節是抵扣環節(買家用來抵扣稅款)；
第三聯是發票聯(買方記賬用)。
(二)普通發票
普通發票由行業發票和專用發票組成。
行業發票適用於某壹行業和業務，如商業零售統壹發票、商業批發統壹發票、工業企業產品銷售統壹發票等。專業發票只適用於某個經營項目，如廣告費結算發票、商品房銷售發票等。
4.發票有不同的功能
增值稅專用發票是商業憑證。因為稅款是從發票中扣除的，買方要向賣方繳納增值稅，所以它們也是完稅憑證，起到賣方納稅義務和買方進項稅的法律證明作用。
除運費、農副產品和按法定稅率收購的廢舊物資外，不得抵扣普通發票。
增值稅發票所列稅費不是因開票而產生的稅款，而是指增值稅壹般納稅人銷售貨物和提供加工、修理修配勞務時，以流通過程中產生的增值額為計稅依據而征收的壹種流轉稅。
擴展數據:
增值稅專用發票由中華人民共和國國家稅務總局設計印制。
推行增值稅專用發票是增值稅改革的關鍵壹步。它不同於普通發票，不僅具有商業憑證的功能，而且由於實行憑發票扣稅，買方還要向賣方繳納增值稅。它具有完稅憑證的功能。更重要的是，增值稅專用發票鏈接了壹個產品從最初生產到最終消費的所有環節，保持了稅收的完整性，體現了增值稅的作用。
2007年7月1，2065438以後，增值稅發票必須有稅號，不符合規定的發票不得作為稅收憑證使用。
參考資料:
百度百科-增值稅專用發票
百度百科-普通發票