1.賬面庫存大於實際庫存的，說明存在未入賬的貨物，按照賬面庫存與實際庫存的差額繳納增值稅；
2.如果賬面庫存小於實際庫存，說明有采購的商品沒有入賬，這部分商品要返還給賣家；
3.當賬面存貨與實際存貨壹致，壹般納稅人企業註銷時，其存貨不作為進項稅轉出，免稅額不予退還。
庫存商品損失的會計處理；
1.確認損失的條件:存貨貨物發生損失，必須滿足稅法規定的扣除條件，如損失的合理性、必要性以及相關證據的支持；
2.計算損耗金額:根據實際損耗數量和成本價計算總損耗金額；
3.會計分錄:在會計賬簿上，借記“管理費用”或“營業外支出”，貸記“庫存商品”；
4.稅前扣除:在計算應納稅所得額時，從稅前利潤中扣除存貨商品的確認損失金額，以減少應納稅所得額；
5.納稅申報:納稅申報時，應填寫相關損失扣除信息，並附證明材料；
6.備查資料:保留所有與庫存貨物損失相關的證明文件，以備稅務機關查驗。
綜上所述，如果賬面庫存大於實際庫存，需要繳納增值稅的處理方法為稅前扣除庫存商品損失；如果賬面庫存小於實際庫存，需要將貨物退回給賣家；當賬面存貨與實際存貨壹致，企業註銷時，存貨不作為進項稅轉出，免稅額不予退還。
法律依據:
企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法
第六條
企業以前年度的資產損失未在當年稅前扣除的，可以向稅務機關說明，並按照本辦法的規定進行專項申報扣除。其中，屬於實際資產損失的，允許追回至損失年度扣除，追回確認期限壹般不超過五年。但對於計劃經濟體制轉軌過程中遺留的資產損失、企業重組上市過程中因權屬不清無法及時抵扣的資產損失、承擔國家政策性任務造成的資產損失、政策性性質不清造成的資產損失等特殊原因造成的資產損失，經國家稅務總局批準，可適當延長回收確認期。屬於法定資產損失的，應在報告年度扣除。