（壹）分支機構分攤的預繳稅款、匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款）由分支機構辦理就地繳庫。分支機構所在地稅務機關開具稅收繳款書，預算科目欄按企業所有制性質對應填寫1010440項“分支機構預繳所得稅”、1010449項“分支機構匯算清繳所得稅”和1010450項“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下的有關目級科目名稱及代碼，“級次”欄填寫“中央60%、地方40%”。
（二）總機構就地預繳、匯算補繳、查補稅款（包括滯納金和罰款）由總機構合並辦理就地繳庫。中央與地方分配方式為中央60%，企業所得稅待分配收入（暫列中央收入）20%，總機構所在地20%。總機構所在地稅務機關開具稅收繳款書，預算科目欄按企業所有制性質對應填寫1010441項“總機構預繳所得稅”、1010442項“總機構匯算清繳所得稅”和1010450項“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下的有關目級科目名稱及代碼，“級次”欄按上述分配比例填寫“中央60%、中央20%（待分配）、地方20%”。
國庫部門收到稅款（包括滯納金和罰款）後，將其中60%列入中央級1010441項“總機構預繳所得稅”、1010442項“總機構匯算清繳所得稅”和1010450項“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下有關目級科目，20%列入中央級1010443項“企業所得稅待分配收入”下有關目級科目，20%列入地方級1010441項“總機構預繳所得稅”、1010442項“總機構匯算清繳所得稅”和1010450項“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下有關目級科目。
（三）多繳的稅款由分支機構和總機構所在地稅務機關開具收入退還書並按規定辦理退庫。收入退還書預算科目按企業所有制性質對應填寫，預算級次按原繳款時的級次填寫。