線上繳費方式為：繳費人可關註“雲南省網上稅務局”微信公眾號或下載“雲南稅務”App、“雲南農信”App、“中國農業銀行”App自助完成在線繳費，也可登錄“支付寶”首頁搜索“雲南省電子稅務局”進入小程序，在支付寶首頁“市民中心”“社保繳費”中完成繳費，通過“壹部手機辦事通”（辦事通App）進行繳費。
線下繳費方式為：昆明市醫療保險參保人前往昆明市農村信用合作社通過銀行櫃面、ATM機、POS機進行繳費，或選擇農業銀行網點的惠農POS機進行繳費。
新參保的需先到當地社區（村委會）服務中心（站）辦理參保登記後，才能按上述方法繳費。
以前年度在昆明市外參保的人員，欲在昆明市參保繳費的，應先將外地參保關系停保後，才能在昆明市居住地的社區進行續保並按上述方法繳費。
新生嬰兒實行“落地”參保，原則上新生兒應在出生後90天內憑戶口簿證明等材料就近就便辦理參保登記並繳納當年參保費用。
參保人跨制度轉接城鎮職工、城鄉居民基本醫療保險，須到當地醫保經辦機構辦理，社區設有經辦權限的可到社區辦理。
參保人在統籌區域內跨縣區接續居民醫保（職工轉居民以及居民停保後接續居民等），可在新參保地辦理停保、續保手續，不必到原參保地辦理。
法律依據：《中華人民***和國社會保險法》
第二十三條 職工應當參加職工基本醫療保險，由用人單位和職工按照國家規定***同繳納基本醫療保險費。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員可以參加職工基本醫療保險，由個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第二十四條 國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。
第二十五條 國家建立和完善城鎮居民基本醫療保險制度。
城鎮居民基本醫療保險實行個人繳費和政府補貼相結合。