1．蘇州市昆山地方稅務局稽查局（副科級建制）
負責擬定稅務稽查具體辦法並組織實施；監督和檢查全市征管對象（除上級稽查局負責監督檢查對象外）以及上級主管部門指定和交辦對象執行地方稅收政策、法規及制度情況；查處稅務違法案件；組織落實涉及地方稅收的各種專項檢查工作；辦理有關人民來信、來訪舉報的稅務案件；協調公安、檢察、審判等機關處理稅務稽查有關工作。
內設機構為綜合業務股、選案審理股（舉報中心）、稽查執行壹股、稽查執行二股等4個股。
綜合業務股：承擔本單位人事管理、教育和創建、紀檢監察、黨務、行政管理和後勤保障等工作；承擔稽查工作的各種制度、規定、辦法的制定與管理；負責各類稽查報表、計會報表的收集、匯總、編制和上報工作；組織實施稽查業務的學習、培訓及業務考核，負責與外部相關職能部門的聯系、協調與配合。
選案審理股（舉報中心）：承擔對稽查案件的審理工作；與市局有關科室的聯系及稅收政策的請示、傳達；稽查案卷質量的監督管理工作；對查補稅款超過規定限額的稅務案件的初審工作及報送市局重大涉稅案件審理委員會審理的工作；對違法案件的具體違法事實進行歸類與分析，提出改進征管、稽查的建議工作；對需要移送司法機關的案件移送工作。承擔稅務違法案件的交流及公告工作；舉報案件的受理登記、送轉、回復及舉報獎勵的管理工作；根據年度工作重點和上級指示精神，確定全年的稽查工作重點、編制稽查計劃、擬訂階段性稽查方案。接收稅收風險評估分局下達的檢查任務名單，制定檢查計劃，並按要求分配稽查任務；監控跟蹤稽查的全過程。
稽查執行股：承擔對壹般稽查案件和上級布置的有關稽查案件的調查取證工作；承擔有關案例的分析，提出改進征管、稽查的建議工作；提請采取稅收保全、稅收強制執行措施，組織實施稅收保全措施與強制執行措施；承擔稅務處理、處罰決定書等稅務稽查文書的送達；稅款等追繳入庫管理。
2．蘇州市昆山地方稅務局征收稅務分局（納稅服務局，和第壹稅務分局合署辦公）
3．蘇州市昆山地方稅務局稅收風險評估分局（和數據管理科合署辦公）
職能同數據管理科。下設綜合管理股、數據分析股、評估監控股等3個股。