柳州市國家稅務局直屬機構2個，分別是稽查局、車輛購置稅征收管理分局。稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局級別為正科級。另跨行政區劃設置第壹稽查局、第二稽查局，級別均為正科級。
（壹）稽查局
組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度檢查計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的稽查、審理、執行工作；貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收舉報案件的受理、轉辦或初查、檢查；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢查、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查作；負責對全市的檢查計劃、大要案件稽查、稅收專項檢查進行統籌管理。
柳州市國家稅務局稽查局內設機構為8個（副科級），分別是：辦公室、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、案件審理科、案件執行科和舉報中心。
柳州市國家稅務局跨行政區劃設置第壹、第二稽查局。其內設機構分別為7個，分別為:辦公室、綜合選案股、檢查壹股、檢查二股、檢查三股、案件審理股、案件執行股，級別為正股級。
稽查局及第壹、第二稽查局的具體地址都是柳州市公園路79號。
（二）車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；協助車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理領取的車輛購置稅票證。
具體地址為：柳州市廣汽路1號。
車輛購置稅征收管理分局內設5個股，分別是：辦公室、綜合業務股、征收股、管理股、票證股。