辦公室
處理市局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責全局性會議組織、文秘事務、檔案管理、信訪、保密、政務信息、督查、稅收宣傳和目標管理工作；組織辦理市人大代表建議和政協委員提案；負責地方稅收政務調查研究；負責機關財務、固定資產、基建、辦公現代化等行政管理工作。
計劃財務科
執行國家稅收計劃、會計、統計制度和國家金庫條例，管理系統的經費、財務、裝備和固定資產；匯總分析全市地方稅收會計、統計信息數據，編制、分配地方稅收計劃；辦理各項經費的領撥；監督檢查地方稅收計劃和財務、會計、統計制度執行情況；組織實施系統內部財務審計；負責稅收資料調查工作；組織清理欠稅；管理地方稅收票證；負責信息系統的建設和管理。
人事教育科
管理局機關及下屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資；承辦縣（市、區）地方稅務局正副局長及相應級別幹部的管理工作；研究制定幹部教育培訓計劃並組織實施；負責系統思想政治工作、精神文明建設；指導基層單位開展爭先創優活動。
監察室（審計科）
負責紀檢監察和行政監察工作；負責黨風廉政建設、執法監察和案件查處工作；參與系統財務、經費和基建的審計工作；協助有關部門做好幹部離任審計工作。
行為稅收管理科
負責耕地占用稅、契稅的征收管理以及房地產稅收壹體化管理工作，研究制定有關稅收、附加征收管理具體辦法並組織實施，對有關稅收法律、法規和規章執行中的壹般性問題進行處理；組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
基金管理科
負責省政府委托的基金（附加、費）的征收（征集）管理工作；研究制定有關基金（附加、費）征收管理具體辦法並組織實施；對有關基金（附加、費）征收法規和規章在執行中的壹般性問題進行解釋和處理；組織辦理有關基金（附加、費）減免中的具體事項。
征收管理科
負責擬定綜合性地方稅收征管具體辦法；組織實施稅收征收管理的法律、法規、規章，處理執行稅收征管法律、法規、規章中的有關事項；負責地方稅收征管體制改革；負責地方稅務登記、申報工作以及稅收資料和辦稅服務廳的管理；負責地方稅收發票管理工作。