二、醫療行業分類不同，享受的政策不同
按照我國城鎮醫療衛生體制改革的總體部署，所有醫療機構將按照其性質、功能和承擔的任務不同，分為非營利性醫療機構和營利性醫療機構兩大類。
所謂非營利性醫療機構，是指政府興辦的承擔基本醫療服務並代表地方或者國家水平的醫療機構。以享受政府財政定向補貼為主，不以營利為目的，收入用於醫療服務成本，其實際營運中的節余只能用在自身的發展上。
所謂營利性醫療機構，是指那些醫療服務所得收益可以作為投資者經濟回報的醫療機構。其服務項目可以根據市場需求自定，並報經衛生行政部門核準；醫療服務價格實行市場調節，自主定價。個體、私營、股份制、股份合作制和中外合資合作的醫療機構壹律為營利性醫療機構。
上述非營利性醫療機構和營利性醫療機構均須由衛生行政部門核定，並在執業登記中註有“非營利性醫療機構”或“營利性醫療機構”，執照方為有效。
（壹）關於非營利性醫療機構的稅收政策
非營利性醫療機構按照國家規定價格取得的醫療服務收入，兔征各項稅收；不按照國家規定價格取得的醫療服務收入，不得享受此項稅收優惠政策。優惠政策免征的稅收包括：營業稅、增值稅、企業所得稅、房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅等。
但是，非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定征收各項稅收；非營利性醫療機構取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣應納稅所得額，就余額征收企業所得稅；非營利性醫療機構的藥房為獨立的藥品零售企業，應按國家規定征收各項稅收。
（二）關於營利性醫療機構的稅收政策
營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善衛生醫療條件的，自取得執業登記之日起，三年內給予下列優惠：對取得的醫療服務收入免征營業稅；對其自產自用的制劑免征增值稅；對其機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。但是，對營利性醫療機構的藥房為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅收。