《財政部國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知》（財稅〔2000〕42號）第壹條“關於非營利性醫療機構的稅收政策”規定：“（1）對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。不按照國家規定價格取得的醫療服務收入不得享受這項政策。醫療服務是指醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和夥食的業務（下同）。
（2）對非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定征收各項稅收。非營利性醫療機構將取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。
（3）對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。
（4）非營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅收。
（5）對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。”
根據《財政部 國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知》財稅[2000]42號文件第二條規定：
（壹）對營利性醫療機構取得的收入，按規定征收各項稅收。但為了支持營利性醫療機構的發展，對營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內給予下列優惠：對其取得的醫療服務收入免征營業稅；對其自產自用的制劑免征增值稅；對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿後恢復征稅。
（二）對營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅收。