《認定管理辦法》中規定高新技術產品銷售收入占企業總收入60%以上，但未明確“總收入”的計算口徑。在實際操作中對“總收入”的概念範圍，納稅人與稅務機關存在較大爭議。稅務機關認為，按照《中華人民***和國企業所得稅法》第6 條規定執行，即企業收入總額的範圍包括銷售貨物收入、提供勞務收入、轉讓財產收入、股息紅利等權益性投資收益、利息收入、租金收入、特許權使用費收入、接受捐贈收入和其他收入。這壹“總收入”的歸集範圍，不僅包括產品銷售收入， 還包括免稅收入、營業外收入等政策性和臨時性收入，具有偶然性，與高新技術企業研發活動關聯度不大，納稅企業認為不應計入高新技術企業總收入範圍。
2、認定標準不利於大型企業享受優惠政策
現行認定條件規定了企業在銷售收入5000 萬以下、5000 萬至2 億和2億以上三個階段研發費用指標標準。從實際執行情況看， 對銷售收入規模較大的企業，會出現因為銷售收入的基數高，研究開發費占銷售收入難以達到規定比例的情況。現在也確實出現了壹些知名企業，盡管掌握了大量核心自主知識產權， 研究開發費用也投入不少， 但因為銷售收入金額較大，無法獲取高新技術企業認定資格。整體上看，生產經營規模小的企業、新開業的企業認定高新技術企業要遠遠易於規模大的企業、經營成熟的企業。
3、《國家重點支持的高新技術領域》範圍偏窄
《認定管理辦法》中規定申請企業的產品（服務）必須屬於《國家重點支持的高新技術領域》規定範圍。壹些新興的產業，如文化產業、健康服務業、海洋石油開采業等新興產業研究開發投入高， 技術上也取得了壹些重大突破， 目前還未納入高新技術領域範圍，無法獲得高新技術企業的資格。
4、認定標準和資格有效期存在“壹刀切”現象
不同地區、不同類型高新技術企業的特點差異大，現行《認定管理辦法》采取相同的認定標準和資格有效期， 大大限制了稅收優惠政策作用的發揮。如醫藥企業等壹些新產品、新技術研發周期長的行業，產品研發階段周期長、投入大、風險高，企業難以盈利；產品研發成功後，企業研發費用會大幅減少，但銷售收入卻增長迅速，造成企業難以達到高新技術企業認定標準，無法真正享受到稅收的優惠。