各級人民政府應當將民營科技企業的發展納入國民經濟和社會發展計劃和規劃，予以引導和扶持。第三條 市科技行政管理部門是本市民營科技企業的歸口管理部門，負責本市民營科技企業的政策引導、規劃制定、資格認定、科技立項、統計分析等工作。
區、縣科技行政管理部門按規定的職責，負責轄區內民營科技企業的管理和服務工作。
計劃、經濟、工商、稅務、財政、勞動、人事等部門應當按照各自職責，***同做好民營科技企業的扶持、服務和監督工作。第四條 凡在本市行政區域內按照“自籌獎金、自願組合、自主經營、自負盈虧、自我約束、自我發展”原則設立的企業，符合下列條例的，可以申請認定為民營科技企業：
(壹)在本市註冊的法人或其他經濟組織，註冊營業期限在十年以上；
(二)主要從事技術開發、技術轉讓、技術咨詢、技術服務和符合國家產業政策，技術發展方向的新產品研究、開發、生產、經營等業務；
(三)技術性收入和科技成果產業化產品的銷售收入占全年收入百分之五十以上，或技術性收占全年營業收入百分之二十以上；
(四)用於產品研究與開發的經費支出占企業全年營業收入百分之二以上；
(五)具有與業務範圍相適應的大專以上學歷或取得中級以上專業技術職稱的科技人員占企業職工總數的百分之二十以上；
(六)有健全的技術、財務管理制度和與業務規模相適應的生產、經營場所和設施。
新辦企業申請認定為民營科技企業的，應當符合前款第(壹)、(二)、(五)、(六)項條件。第五條 申請認定為民營科技企業的，應當向其所在區、縣科技行政管理部門提出申請，經初審後，報市科技行政管理部門審批。市科技行政管理部門應當自收到申請之日起九十日內予以答復。經審核合格的，發給《南京市民營科技企業認定證書》。第六條 申請認定民營科技企業應當提交下列資料：
(壹)認定申請表；
(二)《營業執照》副本和《稅務登記證》副本；
(三)企業章程或合夥協議書；
(四)專業技術人員職稱、學歷證明；
(五)技術貿易機構資質證書。
已開辦的企業，還應當提交上壹年度企業財務報表。第七條 科技行政管理部門應當對民營科技企業進行年度統計和資格復核。經復核，不符合民營科技企業條件的，取消其民營科技企業資格。第八條 民營科技企業分立時，應當到工商、稅務等有關部門辦理相應手續，並向科技行政管理部門申請重新認定。
民營科技企業合並、變更或轉制時，應當到工商、稅務等有關部門辦事相應手續，報科技行政管理部門備案。第九條 民營科技企業終止時，必須依法清理財產和清算債權、債務，與職工中止或解除勞動關系，向稅務、工商等有關部門辦理註銷登記手續，向稅務、工商等有關部門辦理註銷登記手續，並報科技行政管理部門備案。第十條 民營科技企業依法享有下列權利：
(壹)選擇企業組織形式、投資決策、生產經營、勞動用工、收益分配和人事管理等方面的自主權；
(二)申請和承擔政府各類科技計劃項目、自立技術開發項目、申請科技成果鑒定與獎勵、申報專業技術職稱評審、申請高新技術企業及高新技術產品認定、參與國際經濟技術合作和申請進出口經營權等；
(三)拒絕任何單位和部門各種攤派和不合法的收費；
(四)加入民營科技企業協會、行業協會以及工商聯等社會團體組織，並參與其中正當活動；
(五)依照國家有關規定享受各種優惠待遇；
(六)法律、法規規定的其他權利；第十壹條 民營科技企業應當履行下列義務：
(壹)遵守國家法律、法規，依法經營，照章納稅；
(二)保守國家秘密，服從和維護國家利益；
(三)保證產品質量和服務質量，對用戶和消費者負責；
(四)依法與被招用人員簽訂勞動合同，並按有關規定辦理各項社會保險；
(五)積極支持職工依法建立工會，保障工會依法活動，維護職工的合法權益；
(六)按國家法律、法規和有關規定，建立健全各項內部管理制度，規範企業財務管理制度，並接受有關部門審計與監督；
(七)按有關規定向科技、工商、稅務、統計等管理部門提供財務情況以及有關統計報表；
(八)按有關科技優惠政策所享受的減免或補貼，應當用於企業的科技進步和高新技術產業化；
(九)法律、法規規定的其他義務。