根據《南京市國家稅務局關於南京市建鄴區國家稅務局機構改革方案的批復》（寧國稅函〔2010〕21號），本著“依法、科學、規範、高效”的原則，制定南京市建鄴區國家稅務局規範機構設置明確職責分工方案，具體機構設置、職責分工和領導職數如下：南京市建鄴區國家稅務局是南京市建鄴區主管國家稅收工作的職能部門，為正處級全職能局。
內設機構和職責分工區局內設5個行政科室，級別為正科級。根據征管工作需要設置5個稅源管理科，級別為正科級。
（壹）辦公室
制定區局的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理區局日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；管理區局財務等後勤保障及機關行政事務工作；負責區局目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
（二）政策法規科
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作；負責增值稅等稅種的日常稽核和日常管理性檢查工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；承擔稅種風險分析、出口退稅風險分析、大企業稅收風險分析；承辦領導交辦的其它工作。
（三）收入核算科
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分析工作；負責編制和分配稅收計劃、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款征收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款征收、解庫、提退等制度的執行；負責稅源資料的調查和測算，監控重點稅源；負責稅收票證的管理；承擔綜合稅收風險分析。負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅款征收和稅收資料等的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟件的推廣和應用；承擔納稅遵從狀況分析、征管程序性風險分析；承擔在本區域範圍內與地稅、工商、統計、電力等部門開展信息交換；與外地國稅機關協作開展發票逆查、非正常戶配對等交互工作；承辦領導交辦的其它工作。
（四）人事教育監察科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、***青團和婦聯工作；負責機關的黨群工作；承擔思想政治工作和精神文明建設。負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；承辦領導交辦的其它工作。
（五）納稅服務科
組織、協調和指導區局各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳。加掛辦稅服務廳牌子，負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、金稅發售、報稅稽核和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
（六）稅源管理科
稅源管理科負責轄區內稅源稅戶管理。其中稅源管理五科負責重點項目和行業性納稅評估的實施工作；負責稅收風險等級在四級以上納稅人的風險應對工作；負責部分註銷企業註銷檢查、部分涉稅審批和優惠政策資格認定等復雜事項的核查；負責非居民稅收管理中的常設機構判定檢查、關聯交易的核查；負責部分生產企業進料加工手冊核銷的檢查及指定的專項核查工作；承辦領導交辦的其它工作。