壹是審計的內容和目的不同
內部審計的內容主要是依據企業經營戰略目標、單位內部的定額、計劃指標及內部管理制度等，檢查企業各項內部控制的執行情況、經濟活動取得的經濟效益等，提出各項改善措施，評價企業內部受托經濟責任的履行情況等。
內部審計的種類，包括財務審計、經濟效益審計、經營業務審計和管理審計等。而外部審計則是依據《獨立審計準則》，主要審查企業經濟活動的真實性和合法性等方面。
對被審單位會計報表的合法性和公允性發表審計意見，並未較多觸及經濟效益審計和管理審計等方面。因此，內部審計在深度和廣度方面要比外部審計要求高。
二是審計的服務對象不同
內部審計人員在處理企業生產經營管理活動的問題中，充當企業管理當局的參謀和助手，並幫助各級管理人員有效地履行他們的職責，其主要的、直接的服務對象就是包括企業管理當局和董事會在內的組織內部的各級管理人員。
通常，外部審計人員是受托對企業的財務會計報表進行年度審計，其服務對象是與企業利益相關的社會各界，包括股東、銀行、債權人、政府和潛在的投資者等。當然，這不排除他們的意見被企業管理當局和董事會采用的情況，但這是次要的，不是其主要的使命和目的。
三是審計作用的範圍不同
內部審計所發揮的作用壹般僅局限於組織內部，只有當正確的審計結論和建議被采納並及時采取改進行動時，才會產生具有建設性的實際效果。內部審計人員對生產經營管理所持的觀點和看法壹般不向外界透露，具有壹定的保密性。
而外部審計人員對財務會計報表所表述的審計意見和結論要公布於眾，客觀上起到了社會公正的作用，其作用的覆蓋面比內部審計要廣闊的多。
四是與內部控制的關系程度不同
外部審計人員的興趣主要集中在內部會計控制，以及對會計信息的真實性和完整性有實質性影響的相關控制，而內部審計人員則對整個內部控制系統，包括內部會計控制都給予了極大的關註。
而且，兩者的出發點不同，外部審計人員之所以關心內部控制，是因為它們影響其設計的審計程序性質和進行實質性測試的範圍，這與他們對財務會計報表發表獨立意見相比是次要的。
內部審計人員關心內部控制的目的在於檢查和評價內部控制系統的適當性和有效性，並針對控制的缺陷提出強化控制的意見和措施。
五是審計的範圍和時間不同
內部審計的範圍涉及企業生產經營管理的各個領域，它既可以借助於正式的記錄和文件，又可以依據非正式的記錄和文件;內部審計通常對單位組織內部采用定期或不定期的審計，時間安排比較靈活。
而外部審計通常是定期審計，每年對被審單位的會計報表審計壹次，其審計範圍主要局限於財務會計領域及其相關的內部控制系統。
重點在於那些對財務會計報表的合法性和公允性有實質性影響的重大事項，它只能依賴正式的記錄和文件。所以，內部審計在審計的對象範圍上比外部審計要廣泛，在審計時間上也更為靈活。
六是審計程序不同
內部審計的工作程序通常按照部門或經營地點來設計，會計記錄和報表的審查只是其工作的壹小部分，大部分時間和精力都集中在內部控制系統和工作質量的檢查和評價上;而外部審計的程序壹般針對財務會計報表所列項目來設計。
絕大部分時間花費在核實和驗證報表各項目的余額是否真實、準確、可靠，以及確認所采用的會計原則和政策是否公允。
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