預約定價制度更是需要稅企雙方的高度配合，增加了實施難度，具體來講：
1、預約定價安排的適用範圍有限。從我國當前的實踐來看，首先，此安排只有在雙邊或多邊協議中方顯優勢；其次，預約定價安排管理程序復雜，壹方面要企業要花費大量的人力、物力、財力，從成本和效率角度上來說，可能只有大中型以上的跨國公司才會適用此安排。
2、稅企雙方對轉讓定價方法的使用無統壹標準，可能存在壹定的分歧。企業在對其自身的功能和風險分析之後，按其承擔的功能和風險，尋找可比企業，使用的在預約定價期間的轉讓定價方法並不壹定被稅務機關認可。如果仍采用傳統方法來判斷關聯企業交易是否符合正常交易原則，則APA將無法擺脫傳統方法的根本缺陷。
3、實踐中價格難以確定。因正常交易的貨物品質、生產經營時間、地點、條件、環境等因素不同，價格不同，要確定壹個使征納雙方及不同征稅機關***同接受的正常交易價格困難很大，故而推行預約定價進程緩慢。
4、稅務機關對預約定價監控管理時，要對其中列明的轉讓定價方法進行分析，以判斷其是否建立在公平交易的基礎上，是否合理。但是，在進行分析時應以什麽標準來衡量？目前尚未有統壹的標準，這將使此安排推廣時難度增大。另外，需要稅務機關的事後監督、檢查，對管理手段和水平要求較高，大多數國家尤其是發展中國家對這方面要求難以滿足。
5、資料提供並非順利。當需要裁定哪些信息或事實是相關聯的時候，納稅人因為沒有法律的保護，就可能被稅務機關要求提供更多在正常情況下是保密的資料，而且所有資料都是當期交易或交易前的資料，因此從納稅人的觀點來看就更為敏感。同樣，如果壹個試行中的預約定價協議因為不能達成壹致意見而放棄，納稅人則可能遭受巨大損失，而且在任何可能導致的訴訟中喪失優勢。
6、預約定價安排可能涉及壹些潛在問題。很多跨國企業在中國投資，是因為看重中國廣闊的市場。他們在中國的子公司在品牌本地化的過程中做出了很大的貢獻。可以說很多子公司通過自身的努力，在壹定程度上都形成了營銷無形資產。但在壹些預約定價安排的談簽過程中，集團公司往往淡化子公司這方面的功能，只承認子公司承擔了分銷功能，只能給該子公司分配承擔分銷功能所能獲得的基礎利潤，這有可能不符合公平原則。