二是審核方式不同。就大部分內資機構而言，側重於實質性測試，合規性測試較少。有時用通過測試來代替合規性測試，既進行嚴格意義上的合規性測試，又著眼於業務周期的某壹部分。內部審計主要進行合規性測試，比外部審計測試範圍更廣，樣本更多，了解和測試覆蓋公司所有業務周期。
第三，審計涉及不同的部門。外部審計通常只與被審計單位的財務部門打交道，與其他部門打交道的機會較少。內部審計需要與各個部門溝通，以便了解公司各個業務周期和系統的執行情況。因此，內審員需要更強的溝通能力和技巧，不僅因為工作涉及的部門範圍廣，還因為內部審計的特點使得被審計單位對內審員有更強的防禦心態。
第四，從不同角度提出建議。外部審計是站在獨立、客觀、公正的第三方立場上看待問題，判斷問題是否重要的角度是對報表的影響程度，判斷依據是會計準則和會計制度的規定。內部審計在提出改進建議時，也要考慮被審計單位的具體情況，從投資者、管理者和具體實施工作者的角度看薄弱環節，使建議切實可行。
第五，對審計人員的知識要求不同。對外部審計人員更多的要求是要熟悉財稅等相關法律法規的規定。內部審計人員不僅要熟悉這些法律法規，還要熟悉各類公司的經營管理和管理要點。
內部審計在公司中占有非常重要的地位，因為壹個企業的管理制度是否健全，能否規範，取決於內部控制制度的發展，而內部審計主要審計內部控制制度是否健全，內部控制制度也包括財務制度。