財政部門和新農合經辦機構應按規定的審核程序定期審核定點醫療機構墊付的資金，審核確認的資金由財政部門指定的經辦銀行機構撥付。
補償費用的類別包括藥費、住院費、輔助檢查費、手術費、植入體內的大型材料、臨床用血費用、其他類別。
擴展數據:
不屬於新型農村合作醫療的補償範圍。
(1)醫療服務項目:院外咨詢費、病歷費、打印費、復印費；特殊醫療服務費用，如出診費、檢查治療加急費、點名手術額外費用、自請特護等；無電腦稅務發票原件；城鎮、居民和國家政策補貼已報銷。
(2)非疾病治療項目:各種美容、健美和非功能性美容整形手術(如種植牙、配鏡、整容、脫發、減肥、增高、變性等)的檢查和治療所發生的費用。);各種預防保健診療項目；計劃生育相關手術項目，如刮宮、引產、上環、結紮等住院費用；各種醫學咨詢和醫學鑒定。？
(3)診療設備和醫用材料:各種自用的保健、按摩、檢查、治療設備；眼鏡、假牙、假眼、假肢、助聽器等康復用具；省物價部門規定，非傳染病人的壹次性醫用材料和消毒費可以單獨收取。？
(4)治療項目:各種器官或組織移植的器官來源或組織來源；腎臟、心臟瓣膜、角膜、皮膚、血管、骨骼和骨髓以外的器官或組織的移植；治療不孕癥、性功能障礙和各種性傳播疾病的費用；近視矯形手術；變性手術等診療項目；使用正電子發射斷層掃描(PET)、眼科準分子激光治療儀、人體信息診斷儀等進行檢查和治療所發生的費用。
氣功療法、音樂療法、營養療法、磁療等輔助治療項目；打架、酗酒、犯罪、服毒、自殘、自殺等住院發生的費用；被鑒定為醫療事故或者已經發生醫療糾紛，但糾紛未被鑒定的；與疾病無關的檢查費、治療費、與處方藥診斷不符的藥費；輸血及各種血漿和生物制品(血友病、再生障礙性貧血等血液系統疾病除外)；專項資金支持的疾病項目。
(5)生活服務項目及服務設施:醫療、急救交通費用；空調費、電視費、電話費、水電費、食品保鮮費、餐費；陪護費、護理費、沖洗費、煎藥費；招待費和其他特殊生活服務費用。
武漢市中心醫院-武漢市新型農村合作醫療政策