對於壹般出口貨物，根據《中華人民共和國國家稅務總局關於出口貨物退(免)稅管理有關問題的通知》(國稅發〔2004〕64號)，出口企業應當自貨物申報出口之日起90日內向退稅部門申請辦理出口貨物退(免)稅(以出口退稅報關單上註明的出口日期為準)。逾期未申報的，不再受理該出口貨物的退(免)稅申報，因特殊原因經地市級以上稅務機關批準的除外。《中華人民共和國國家稅務總局關於出口貨物退(免)稅管理有關問題的補充通知》(國稅發[2004]113)進壹步規定，到期日超過當月納稅申報期的，稅務機關可根據國稅發[2004]64號第七條暫不按國內貨物處理。但生產企業應在次月“免、抵、退”稅申報期內申報“免、抵、退”稅。未申報的，稅務機關按國內貨物征稅。
也就是說，如果企業沒有按時申報“免、抵、退”稅，就需要按內銷征稅。
此外，根據國稅發[2004]64號文第二條規定，出口企業申報出口貨物退(免)稅時應提供出口收匯核銷單，但尚未結匯的可不提供出口收匯核銷單，退稅部門將按照現行出口貨物退(免)稅管理的有關規定審核辦理退(免)稅手續。出口貨物，應在貨物申報出口之日起180天內(以出口貨物報關單“出口退稅專用”上註明的出口日期為準)，向當地主管退稅部門提供出口收匯核銷單(不含遠期外匯收入)。退稅部門審核後，如審核有誤，出口企業未能提供出口收匯核銷單的，將收回出口貨物退(免)稅；未辦理退稅的，不予辦理退稅。
關於最終核銷期限，《中華人民共和國國家稅務總局關於出口企業提供出口收匯核銷單期限的通知》(國稅發〔2008〕47號)第壹條規定，國稅發〔2004〕64號第二條第二款規定的出口企業在申報出口貨物退(免)稅時向主管退稅部門提供出口收匯核銷單(不含遠期收匯)的期限為6500。
根據規定，生產性企業出口貨物免抵退稅單證的領取截止時間為:收匯核銷單證截止時間，即210天。
如果按照這些規定，上述案件中的幾個報關單不能申報出口，只能辦理內銷，企業將為此付出巨大損失。
通過保稅區出口貨物有特殊規定。
正是考慮到上述問題，國家稅務總局對經保稅區出口的貨物在申報出口退稅時作了壹些特殊規定。涉及的文件有:《中華人民共和國國家稅務總局關於出口退稅若幹問題的通知》(國稅發[2000]165號)、《中華人民共和國國家稅務總局關於經保稅區出口貨物退(免)稅有關問題的批復》(國發[2005]255號)。
國稅發[2000]165號規定，保稅區外出口企業向外商銷售的出口貨物，如儲存在保稅區倉儲企業的貨物，由倉儲企業在出境時申報，保稅區外出口企業可憑《保稅區出口貨物報關單(出口退稅專用聯)》、《倉儲企業出口備案清單》及其他所需單證向稅務機關申請退稅。上述貨物全部出境後，保稅區海關簽發出口貨物報關單(出口退稅專用聯)。
國稅函〔2005〕255號規定，保稅區海關在貨物全部離開保稅區後，簽發出口貨物報關單(僅用於出口退稅)。根據這壹規定，貨物離開保稅區後，保稅區海關將根據貨物進入保稅區的日期簽發出口貨物報關單(僅用於出口退稅)，這可能會造成出口企業在退稅申報期後無法退(免)稅的問題。為解決這壹問題，國家稅務總局規定，出口企業可根據最後壹批出口貨物備案清單中規定的出口日期，對符合國稅發[2000]165號文第壹條規定的出口貨物申報退(免)稅。因此，這500萬美元的出口貨物可以免於退稅，不需要作為國內銷售處理。
另外，需要註意的是，根據政策規定，7月1995日至7月1日，區外企業進口(銷售)入保稅區的貨物壹律不退(免)稅，按規定繳納增值稅和消費稅。由此看來，運入(售入)保稅區的國內貨物不能享受出口退(免)稅，賣方必須按照國內企業之間銷售貨物的方式納稅。然而，有壹個例外。區外企業向外商銷售的出口貨物暫存在保稅區倉儲企業，倉儲企業在出境時辦理報關手續的，區外企業可憑進入保稅區貨物的出口貨物報關單(出口退稅專用單)、倉儲企業出口備案清單及其他規定的單證向稅務機關申請退(免)稅。情況就是這樣。同時，區外企業開展加工貿易業務，其進口料件購自區內企業，也可按現行來料加工和進料加工稅收政策申請退(免)稅。