只要納稅，就不區分營利組織還是非營利組織，稅種和稅率都壹樣的。
壹、主要稅種和稅率：
1、營業稅，收入為計稅基數，稅率5%，但醫療服務的收入可以免營業稅。
《中華人民***和國營業稅暫行條例》第八條下列項目免征營業稅：
（三）醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務；
2、附加稅，主要是城建稅（7%）；教育費附加（3%）；地方教育費附加（2%，有的地區沒有此稅），計稅基數為營業稅
3、其他稅種，如印花稅，按賬冊貼花，普通賬冊每本5元；城鎮土地使用稅、房產稅等，這些都是壹年交壹次，計算比較復雜，金額也不多，可以忽略。
4、所得稅，稅率25%，財政撥款、捐贈收入等為免稅收入，可以不納所得稅，計稅基數為利潤和不能稅前扣除項。
二、納稅核算：
1、營業稅與附加稅，醫院的會計科目裏沒有“營業稅金及附加”，使用“其他支出”科目（本科目核算醫院本期發生的，無法歸屬到醫療業務成本、財政項目補助支出、科教項目支出、管理費用中的支出，包括培訓支出，食堂提供服務發生的支出，出租固定資產的折舊費，營業稅、城市維護建設稅、教育費附加等稅費，財產物資盤虧或毀損損失，捐贈支出，罰沒支出等。）
借：其他支出
貸：應交稅費—營業稅
? 應交稅費—城建稅 等
交稅時
借：應交稅費—營業稅
應交稅費—城建稅 等
貸：銀行存款
月末結轉
借：本年利潤
貸：其他支出
2、印花稅計入管理費用（醫院應交納的印花稅不需要預提應交稅費，直接通過“管理費用”科目核算）
借：管理費用—印花稅
貸：庫存現金 等
3、所得稅也計入“其他支出”科目。分錄同1。