1.本年多繳退稅款，用紅字沖減納稅時的應付賬款，借記營業稅及附加，貸記土地增值稅。支付時，借記應交稅費——土地增值稅，貸記銀行存款；
2.如果多繳的退稅屬於以前年度，壹般計入營業外收入。根據會計準則，從政府取得的補助計入營業外收入。借銀行存款，貸營業外收入。
如果公司多繳土地增值稅退稅款，則直接抵扣扣稅及附加科目，所得稅不需要調整。
因土地增稅補稅造成企業所得稅損失，且無後續開發項目的，應在項目開發各年度按項目開發各年度實現的銷售收入占整個項目銷售收入總額的比例分攤項目已繳納的土地增值稅總額，重新計算當年應繳納的企業所得稅。多繳的企業所得稅可以以後年度抵扣，也可以選擇申請退稅。如果當年造成虧損，可以結轉下年彌補。
法律依據
中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則
第十條條例第七條所列四級累進稅率，各級“增值額不超過扣除項目數”的比例，均包括此比例。
土地增值稅的計算方法可以是增值額乘以適用稅率減去扣除項目金額，再乘以速算扣除系數。具體公式如下:
(壹)增值額不超過扣除項目金額的50%，土地增值稅稅額=增值額乘以30%；
(2)增值超過扣除項目金額50%未超過100%的，土地增值稅稅額=增值額乘以40%-扣除項目金額乘以5%；
(3)增值額超過扣除項目金額的65，438+000%，但未超過200%。土地增值稅金額=增值額乘以50%-扣除項目金額乘以15%；
(4)增值超過扣除項目金額200%的，土地增值稅稅額=增值額乘以60%-扣除項目金額乘以35%，
公式中的5%、15%、35%為速算扣除系數。