寧夏檢驗檢疫局的主要職責是:貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫、進出口商品檢驗等法律法規和政策規定的細則、辦法和工作程序，負責轄區內出入境檢驗檢疫、鑒定、認證、監督管理等行政執法工作。
負責實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督，負責口岸傳染病預防控制，負責出入境人員預防接種和傳染病監測、體檢管理。
負責出入境動植物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫和監督管理，動植物疫情的檢測和調查，國家質檢總局授權的動植物檢疫審批，實施動植物疫情應急預防措施。
負責實施進出口商品(含食品)的法定檢驗和監督管理，壹般包裝危險貨物的包裝檢驗和核出口，進出口商品的鑒定和管理，外商投資財產鑒定和進出口商品復驗。
負責對進出口食品、動植物及其產品的生產(養殖、種植)、加工、儲存單位實施衛生檢疫註冊，實施進口安全質量許可和出口質量許可，實施進出口產品、體系認證和實驗室認可、人員註冊等工作，並進行監督管理。
負責實施國家進口許可證制度的民用物品入境核銷，負責出口、轉口相關物品的出境核銷。
負責實施出入境車輛、集裝箱、貨櫃的衛生監督、檢疫監督及相關適航檢查和鑒定，負責出入境車輛、集裝箱、包裝材料和鋪墊材料、貨物海上衛生處置的管理。
負責國家、國務院有關部門和國家質檢總局簽署的有關檢疫、檢驗和國際協議、協定、議定書的實施，負責技術性貿易壁壘協議和檢疫協議的實施。
負責簽發出入境檢驗檢疫證書、標識和封識，並進行監督管理。負責出口商品普惠制原產地證和普通原產地證的簽證工作。
負責本轄區出入境檢驗檢疫業務的統計，調查和收集傳染病、動植物疫情和出國國際貿易貨物質量情況，提供相關信息。
負責轄區內各類涉外檢驗檢疫、鑒定認證機構(含中外合資、合作機構)和衛生檢疫處理機構的監督管理。
負責出入境檢驗檢疫科技、標準化和信息化以及相關的國際合作與交流。
負責人事管理、教育培訓、外事、財務、基建、物資管理、紀檢監察、審計、精神文明建設和思想政治工作。
承擔國家質檢總局交辦的其他工作。
根據職責和國家質檢總局的規定，目前，寧夏檢驗檢疫局有9+2個內設機構，其中檢驗檢疫辦公室3個；擁有檢驗檢疫技術中心(含西北鑒定中心寧夏分中心)、辦公服務中心、寧夏國際旅行衛生保健中心三個機構，中國商品檢驗總公司寧夏分公司1企業。是國家質檢總局35個直屬檢驗檢疫局中唯壹沒有分支機構的省級局。今年4月1日，國務院發布通知，統壹對外國航空器開放銀川機場，同意在銀川機場設立邊檢、檢驗檢疫等檢驗機構，開展出入境檢驗檢疫服務(籌備工作已基本完成)。這是寧夏對外開放發展史上的壹個裏程碑，將結束寧夏沒有航空口岸的歷史和寧夏檢驗檢疫局沒有分支機構的歷史。