關稅配額量內進口的農產品適用關稅配額稅率，配額量外進口的農產品按照《中華人民***和國進出口關稅條例》的有關規定執行。
散裝貨物溢裝部分按照本《辦法》第十九條第二款的規定執行。第三條 實施進口關稅配額管理的農產品品種為：小麥（包括其粉、粒，以下簡稱小麥）、玉米（包括其粉、粒，以下簡稱玉米）、大米（包括其粉、粒，以下簡稱大米）、食糖、棉花、羊毛以及毛條。
實施關稅配額管理農產品相應的稅目及適用稅率另行公布。第四條 小麥、玉米、大米、食糖、棉花進口關稅配額分為國營貿易配額和非國營貿易配額。國營貿易配額須通過國營貿易企業進口；非國營貿易配額通過有貿易權的企業進口，有貿易權的最終用戶也可以自行進口。第五條 農產品進口關稅配額為全球配額。第六條 符合第三條規定的農產品所有貿易方式的進口均納入關稅配額管理範圍。第七條 食糖、羊毛、毛條進口關稅配額由商務部分配。
小麥、玉米、大米、棉花進口關稅配額由國家發展和改革委員會（以下簡稱“發展改革委”）會同商務部分配。第八條 商務部、發展改革委分別委托省級商務主管部門和省級發展改革主管部門（以下簡稱委托機構）負責下列事項：
（壹）接收申請者的申請並將申請材料轉報商務部、發展改革委；
（二）受理咨詢並將其轉達商務部、發展改革委；
（三）通知申請者其申請中不符合要求之處，並提醒其修正；
（四）向經過批準的申請者發放《中華人民***和國農產品進口關稅配額證》（以下簡稱為《農產品進口關稅配額證》）。
委托機構名單另行公布。第九條 《農產品進口關稅配額證》適用於壹般貿易、加工貿易、易貨貿易、邊境小額貿易、援助、捐贈等貿易方式進口。
由境外進入保稅監管場所、海關特殊監管區域的產品，免予領取《農產品進口關稅配額證》。第二章 申請第十條 農產品進口關稅配額的申請期為每年10月15日至30日（憑合同先來先領分配方式除外）。商務部、發展改革委於申請期前1個月，分別在商務部網站（網址為，下同）、發展改革委網站（網址為，下同）上公布每種農產品下壹年度進口關稅配額總量、申請條件及國務院關稅稅則委員會確定的當年度關稅配額農產品稅目和適用稅率。
食糖、羊毛、毛條由商務部公布。小麥、玉米、大米、棉花由發展改革委公布。第十壹條 商務部委托機構負責接收本地區內食糖、羊毛、毛條進口關稅配額的申請。
發展改革委委托機構負責接收本地區內小麥、玉米、大米、棉花進口關稅配額的申請。第十二條 商務部委托機構根據公布的條件，接收申請者提交的食糖、羊毛、毛條申請及有關資料，並於11月15日前將申請材料轉報商務部（憑合同先來先領分配方式除外），同時抄報發展改革委。
發展改革委委托機構根據公布的條件，接收申請者提交的小麥、玉米、大米、棉花申請及有關資料，並於11月15日前將申請材料轉報發展改革委，同時抄報商務部。第三章 分配第十三條 農產品進口關稅配額將根據申請者的申請數量和以往進口實績、生產能力、其他相關商業標準或根據先來先領的方式進行分配。分配的最小數量將以每種農產品商業上可行的裝運量確定。第十四條 每年1月1日前，商務部、發展改革委通過各自委托機構向最終用戶發放《農產品進口關稅配額證》，並加蓋“商務部農產品進口關稅配額證專用章”或“國家發展和改革委員會農產品進口關稅配額證專用章”。
國營貿易配額在《農產品進口關稅配額證》上註明。第四章 期限第十五條 年度農產品進口關稅配額於每年1月1日開始實施，並在公歷年度內有效。《農產品進口關稅配額證》自每年1月1日起至當年12月31日有效。
實行憑合同先來先領分配方式的《農產品進口關稅配額證》有效期，按公布的實施細則執行。